经济发展与生态环境保护之间的矛盾具有普遍性,无论是在经济发达国家还是发展中国家,两者之间的矛盾也常常被激化。为了协调两者之间的关系,世界上许多国家采取了生态补偿措施。近些年来,中国也开始尝试采用生态补偿措施来缓解经济发展与资源环境破坏之间的矛盾,有效实施生态补偿,加强生态建设,实现人口、资源、环境和社会的协调发展,既是21世纪人类面临的共同主题,也是我国经济社会持续发展的重要基础。陕南秦巴山区为南水北调中线工程重要水源涵养地,由于自然、历史的原因,该地区经济发展水平比较落后,而为了保护水源地水质,陕南秦巴山区通过实施退耕还林政策,关闭水源地污染企业等措施保护水源地生态环境,从而在一定程度上损失了许多经济发展的机会,凸显了经济发展与生态环境保护的矛盾,对该地区实施生态补偿也就亟待必须。本研究首先从宏观方面论述了目前国内外关于生态补偿的发展研究、理论依据、价值化研究和实践研究;其次,以南水北调中线工程为背景,应用“跨区污染”理论和logistic生长曲线阐释陕南秦巴山区生态补偿的机理,并结合定性和定量分析方法说明,在整体福利最大化前提下,要求陕南秦巴山区为水源地生态环境治理付出比单个治理时更多的努力,并得出对陕南秦巴山区基本补偿是生态补偿项目得以实施的基础,产业结构调整补偿是项目能否成功实施的关键;最后,文章结合陕南秦巴山区生态补偿的现状及存在问题,提出完善该地区生态补偿的政策建议,即本文结论:第一,针对陕南秦巴山区具体情况,采用机会成本方式测算具体补偿额度,从而提高补偿标准;第二,根据陕南具体的自然环境状况并依照生态规律,延长补助期限;第三,抓住国家实施政策补偿这一契机,积极主动反应本地区在生态保护方面的利益需求;第四,加强与受惠地区的交流与协作,例如:建立水资源交易模式、建立流域生态价值评估机制;第五,可以通过产业结构调整方式,避免禁止发展的污染严重产业,大力发展与生态补偿政策相适应的特色产业,如旅游业、绿色食品业、医药产业等,从而达到既发展了经济,又维持了生态良好,同时也响应了国家的生态补偿政策的一个多赢目标。