2001年,科技部正式启动了社会公益类科研机构改革,要求公益类科研院所在运行机制等方面与时俱进,并明确提出建设现代科研院所是我国公益类科研机构改革的重点。农业科研院所作为我国公益类科研机构的重要部分,根据现代农业发展新需求、国家科技政策新导向、农业科技领域和层次等新形势变化,迫切需要建立现代科研院所制度,而新的科技创新机制是建立现代农业科研院所的核心。本文以江西省农业科学院为例,循着现代农业科研院所机制建立的内外原因、理论导向、重点内容、运行对策的逻辑思路展开系统研究。通过统计调查、系统分析等方法,借鉴现代企业制度建设的成功经验,界定了现代农业科研院所的内涵,阐述了建立现代农业院所科技创新机制的原则和内容；在深入剖析农业科技创新影响因素的基础上,提出了现代农业科研院所科技创新生命机制五要素和科技创新管理机制五要素,并明确了各项要素机制建设重点；最后,在推动机制运行方面提出了相应对策。研究结果对于农业科研院所尤其是江西省农业科学院建立现代科研院所体制机制具有一定的指导意义。