海关确定进出口货物完税价格的作业过程称为海关估价。由于关联企业间关联关系的影响,对于关联企业进出口货物海关估价过程中,不能直接采用成交价格法,而应当排除关联关系对价格的影响,以便保证海关估价的公平性。从另一角度来看,税务机关主要依据公平交易原则对管理交易成交价格进行调整,从而确认关联交易中企业的应税利润,即形成了转让定价的纳税调整制度。本文目的是探究海关估价与税务部门转让定价两套制度之间的差异与协调。本文首先从基本原则、可比性分析、具体方法以及运用顺序等方面对比分析了海关估价与转让定价两套制度,并以此为基础得出转让定价方法可能被作为海关估价成交价格法的补充的结论。这种可能性基于两套制度在基本原则以及具体方法上的高度相似,而海关估价方法在理论上与转让定价方法的等效性也是得出这种可能性的前提。正因如此,本文通过相关案例,讨论目前海关判定和调整跨国公司定价时使用“销售环境测试”的具体方法,并总结海关借鉴转让定价的经验。最后,本文以上述研究为基础,针对海关估价中转让定价方法的应用提出了有效建议。