本文以安徽省改制科研院所为研究对象，研究了科研院所改制发展高新技术产业的过程和实际情况，归纳了改制背景、改制进程、主要做法和主要成效，给出了实证分析，分析了安徽省科研院所改制的问题，给出了建议对策，得出如下结论：发展股权式应用型科研机构不但可以解决科研机构改制问题，从根本上提升组织效率，而且对解决我国科技政策和科技组织管理中存在的问题也有较大的促进作用；我省科研机构改制为企业在建立模式上应采取股权式投资模式建立大型应用型科研机构甚至是行业/产业科研机构和科研机构集团，从而使其从建立时起就以强势经济主体角色进入市场经济环境；采用主要科技人员有效持股、引入职业经理人和建立离退休人员保证基金的方法解决改制带来的科研院所人力资源管理问题；应采取建立企业技术联盟的方法解决从属模式改制科研院所改制失败问题；应重视科研院所改制后准公益类公共科技产品提供者的错位和缺位问题，区别对待，分别解决；政府应高度重视解决“科教兴皖”政策落实与科研院所改制之间的悖论。