番茄是世界广泛种植的蔬菜作物之一,其独特的风味、丰富的营养、鲜艳的色彩和特殊的医用价值吸引着越来越多的消费者,培育优良的抗病品种是防治各种番茄病害最为有效的方法。本研究的目的:利用生物信息学手段,找到抗病基因与其等位基因的核苷酸差异位点,通过设计等位基因特异引物,开发出抗病基因的标记用于基因标记辅助选择。为番茄抗病品种的选育提供新的材料,加快番茄抗病品种选育的进程。本研究获得的主要结果如下:1.从GenBank中获得抗病基因Tm-2^a、Cf-9、I-2、Mi-1以及等位基因的序列信息,通过生物信息学软件分析,找到番茄抗病基因Tm-2^a、Cf-9、I-2上SNPs共24个;分析了Mi-1基因等位序列与附近RGA的gDNA序列,找到了它们在第一个内含子结构的核苷酸差异。2.分别根据抗病基因Tm-2^a、Cf-9、I-2的SNPs位点设计基因特异引物3对,引物3’端与模板互补或错配,并人为的在3’端的第二或第三位引入错配碱基。Mi-1基因特异引物是根据第一个内含子两侧翼的序列进行设计,扩增抗病基因与等位序列的第一个内含子区域。3.采用摩擦接种法和灌根法对抗病材料和敏感材料进行TMV和南方根接线虫接种鉴定,同时分别以Tm-2^a和Mi-1特异引物对这些材料进行PCR扩增。实验结果证明,TMV与南方根接线虫接种结果与PCR扩增结果完全吻合。4.以Cf-9特异引物对国际通用的叶霉病生理小种鉴别寄主进行PCR检测,检测结果显示仅Ont7719（Cf-9/Cf-9）能扩增出条带。以I-2特异引物对抗枯萎病品系LA3847（NCHS-1）、LA4026（Florida7481）和敏感品系A53作PCR检测,试验结果表明,LA3847、LA4026均能扩增出600bp大小的带,而A53扩增出大小为720bp左右的条带。这说明Tm-2^a、Cf-9、I-2、Mi-1特异引物均能用于田间基因标记辅助选择。5.本研究以国外多抗F1品种为材料,连续多代自交,在F₃、F₄苗期采用基因标记（Tm-2^a、I-2、Mi-1）辅助选择,并结合田间经济性状调查,选择经济性状较好、含三抗性基因的单株。共得到三抗性品系3份,三抗性材料87株,得到经济性状优良的自交系8份。6.对获得的三抗性品系,进行四种抗性基因杂交聚合。以三抗的自交系为母本,含有Cf抗性基因的佳粉18号和硬粉8号为父本,杂交,对其F1代的22个单株进行分子标记检测,表明有9株聚合了四种抗性基因,可作为将来选育多抗性番茄的优质抗源。