在我国国有资产管理体系中，国有控股公司作为一种重要的国有资产管理形式，在国有资产经营体制中处于及其关键性的地位，不仅要保证公司的持续经营，达到利润的最大化，还要保证国有资产的保值增值。国有控股公司分布在经济的各行各业，对维护国家的经济安全和技术创新有着重要的作用。因此，国有控股公司作为我国经济的命脉，其公司治理情况的好坏对我国各行各业的的整体发展起着非常重要的作用，对国有控股公司治理结构的研究对我国经济的发展有着重要的指导意义。然而，目前我国国有控股上市公司的治理结构的问题也日益突出，主要表现在控股股东的绝对控制权使公司决策的民主化不强，董事会的职能弱化等。各种迹象已经表明，改善国有控股上市公司的治理结构已经迫在眉睫。国有控股上市公司中具有特殊的股权代理成本问题，这是由其特殊的股权结构决定的，主要表现就是股东与经理人之间的代理问题，这种特殊的股权代理成本问题对公司的长远发展产生了不利影响。因此，如何改善国有控股公司的治理结构、降低股权代理成本已经成为专家学者们要研究的重要问题。目前，国内外学者们对治理结构与代理成本的研究主要是在于股权结构以及董事会特征等方面，很少对国有控股上市公司治理结构进行系统分析，而且对股权代理成本进行深入分析的更是少之又少。因此，本文吸收和借鉴了前人优秀成果，将我国国有控股上市公司作为研究对象，对国有控股上市公司的治理结构与股权代理成本的关系进行了理论和实证分析。文章采用的公司治理指标包括：股权集中度、股权制衡度、国有股比例、董事会规模、独立董事比例、高管持股数及高管薪酬，并通过管理营业费用率来衡量股权代理成本。本文首先是对公司治理的各个指标进行自相关分析，选择出没有自相关性的代表性指标，然后进行回归分析，并得出结论：我国国有控股上市公司的股权制衡度、国有股比例、高管持股数及高管薪酬都与股权代理成本有较强的相关性，而董事会规模与股权代理成本的关系并不显著，独立董事比例与股权代理成本没有相关性。本文没有得出独立董事比例与股权代理成本之间的相关性，其中的原因可能是因为国有资产管理部门往往成为国有控股上市公司的大股东，董事的选任体现着大股东的意志，致使内部人控制现象比较严重，因此独立董事的独立性不强。另外就是独立董事制度的缺陷，需对独立董事的薪酬进行规范。本文根据理论和实证分析，提出了相关的政策建议，包括对国有资产管理体制的完善、优化股权结构、强化董事职能、构建完善的激励约束机制等，以期能够完善公司治理结构，降低股权代理成本，提高我国国有控股上市公司的治理效率。