长链非编码RNA筛选及lnc145801对肝细胞癌迁移及侵袭的影响

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研究目的通过高通量二代测序技术检测GPC-3敲除后Huh7细胞株及未处理组的lnc RNA(long noncoding RNA,长链非编码RNA)表达谱,分析筛选具有显著差异表达的lnc RNA,拟在lnc RNA水平探讨肝癌的迁移、侵袭,为肝癌的发生发展机制研究和肝癌的临床诊断、治疗提供新的思路和策略。研究方法1.分别对GPC-3敲除后Huh7细胞株(Huh7-KO)及未处理组进行RNA数字表达谱(RNA-Seq)测序及生物信息学分析,分析具有显著差异表达的lnc RNA,并进行q PCR验证及筛选。2.收集60例经手术切除且病理医师鉴定证实的临床肝癌与癌旁肝组织样本。进行随访调查,收集并整理60例肝癌患者的临床病理资料。3.通过qPCR检测lnc145801在60对肝癌组织与癌旁组织中的表达情况。4.结合60例患者的临床病理资料,利用SPSS24.0软件统计分析lnc145801表达与患者肿瘤大小、包膜边界、肿瘤分化程度,HBV DNA、AFP,肝硬化、血管侵犯、复发等临床病理特征的相关性,以及与患者术后复发、预后的关系。5.通过qPCR检测lnc145801在不同转移能力的肝癌细胞株中的表达情况。6.针对lnc145801设计siRNA,瞬时转染高表达肝癌细胞株,通过qPCR筛选敲低效率明显的si RNA。7.构建过表达载体pcDNA3.1-lnc145801,瞬时转染低表达肝癌细胞株,通过q PCR验证lnc145801表达水平。8.通过Transwell、细胞划痕实验、CCK-8等细胞功能学实验检测敲低或过表达lnc145801对肝癌细胞株迁移、侵袭及增殖的影响。研究结果1.经高通量二代测序及生物信息学分析预测,共2033个基因差异表达(372个lnc RNA、1661个m RNA差异表达)。其中lnc RNA上调192个,下调80个,m RNA上调853个,下调798个。筛选出5个具有显著差异表达的lnc RNA:lnc145801、lnc324563、lnc211673、ENST00000641912、ENST00000602938。2.经q PCR验证,在5个差异表达的lnc RNA中,lnc145801在未处理Huh7细胞株中明显高表达,在肝癌组织中的表达显著高于癌旁肝组织,差异具有统计学意义(P=0.0001),该结果与高通量测序及生信预测结果相符(改变倍数≥2.0或≤0.5,P<0.05)。3.Kaplan-Meier生存分析表明高表达lnc145801的患者具有更短的无瘤生存期和总生存期,多因素COX’s比例风险模型分析表明高表达lnc145801是无瘤生存期和总生存期的独立危险因素。临床病理特征相关性分析提示患者的肿瘤复发与lnc145801高表达相关。4.肝癌细胞株MHCC97H、LM3高表达lnc145801,敲低lnc145801后,MHCC97H、LM3迁移、侵袭及增殖能力明显低于对照组(P<0.05)。5.成功构建过表达载体pc DNA3.1-lnc145801,转染低表达lnc145801的肝癌细胞株SMCC7721、Hep G2后,SMCC7721、Hep G2细胞迁移、侵袭及增殖能力明显高于对照组(P<0.05)。结论1.经高通量测序、生信分析以及临床肝癌标本验证,获得在HCC组织中高表达的长链非编码RNA---lnc145801。2.lnc145801高表达的肝癌患者术后更易复发且生存期较短,多因素Cox’s比例风险模型分析提示高表达lnc145801是无瘤生存期和总生存期的独立危险因素。3.lnc145801可促进HCC细胞的迁移、侵袭和增殖,敲低lnc145801可作为延长HCC生存率、减少HCC转移的潜在指标。
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