日本沼虾(Macrobrachium nipponense)是具有较大价值的一种淡水经济虾类,广泛分布于湖泊、池塘和江河中。本研究采集河北白洋淀、衡水湖,山东微山湖和江苏洪泽湖4个采样点的日本沼虾野生群体样本,利用分子生物学和统计学等相关技术方法,结合形态标记和微卫星标记等对日本沼虾野生群体进行形态差异分析及群体遗传多样性进行研究,了解各形态性状对体重的影响,探明其遗传多样性水平,可弥补当前日本沼虾优质品种选育和改良研究中形态特征与遗传背景较模糊的局限性,为日本沼虾种质资源保护和良种选育提供依据,从而推进日本沼虾分子标记辅助遗传育种技术的发展。具有重要的理论价值和实践意义。具体研究结果如下:1.日本沼虾4个野生群体的形态性状差异分析通过多元分析方法对4个日本沼虾野生群体的形态差异进行了分析。聚类分析结果显示,白洋淀和微山湖野生群体的遗传距离最短,形态性状相似,而洪泽湖群体和衡水湖群体的遗传距离与前两个群体越来越远;判别分析构建了日本沼虾4个野生群体的判别函数,判别准确率P1在63.8%-96.3%之间;P2在62.2%-97.5%之间,综合判别率为75.1%,判别效果较好;主成分分析结果显示,得到5个互不关联的主成分,各主成分的贡献率分别为17.275%、13.278%、12.979%、10.773%和7.662%,累积贡献率为61.967%,主成分分析散点图的结果与聚类分析的结果相一致。2.日本沼虾4个野生群体形态性状对体重的影响采用简单相关分析、多元回归分析和通径分析等方法,分析了4个日本沼虾野生群体各形态性状和体重的相关性及对体重的直接与间接的影响系数。简单相关分析结果显示,4个群体中17个形态性状与体重均表现为极显著相关性,4个群体不同形态性状之间相关系数差别较大,分别介于0.486-0.944、0.157-0.948、0.369-0.974和0.155-0.968之间,均达到极显著水平(P<0.01)。通过多元回归分析分别构建了4个日本沼虾野生群体的多元回归方程,经过通径分析获得了各形态性状对体重的直接作用和间接作用系数,不同地区日本沼虾野生群体对体重直接影响较大的形态性状存在差异。在白洋淀群体中,全长和体长性状对于体重指标影响较为重要的形态性状;衡水群体中,第二步足长是对于体重指标的影响较为重要的形态性状;微山湖群体中,全长是对于体重指标的影响较为重要的形态性状;洪泽湖群体中,头胸甲长和腹部高是对于体重指标的影响较为重要的形态性状。3.日本沼虾4个野生群体遗传多样性微卫星分析为了评价不同地区日本沼虾野生群体的遗传多样性和遗传分化水平,利用微卫星标记对白洋淀、衡水湖、微山湖和洪泽湖4个地区日本沼虾野生群体的遗传多样性进行分析。结果显示,22对微卫星位点都显示均具足够的多态性;在各野生群体中至少有6个位点显示杂合子不足,显著的偏离Hardy-Weinberg平衡;4个群体均表现出了较高的遗传多样性水平,其中微山湖群体相对于其他三个野生群体表现出较高的遗传多样性水平;群体间F-统计量及分子方差分析表明,日本沼虾4个野生群体间存在中等程度的遗传差异(0.0463<Fst<0.1012);基于Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,地理位置相邻的日本沼虾野生群体聚在一起。