本论文针对扫黑除恶专项斗争在对组织、领导、参加黑社会性质组织罪适用上存在的问题进行研究，指出了在犯罪构成、司法认定、刑罚适用方面存在的问题并提出了个人的建议。关于单位能否作为本罪主体，理论界存在争议，论文对此一一进行了分析阐述。本罪的犯罪形态，学界有既遂、未遂两种观点，本文认为本罪只有既遂形态，须确定组织、领导、参加的是黑社会性质组织才能构成本罪，故不存在未遂。对存在争议的本罪与黑社会性质组织实施的具体犯罪数罪并罚是否存在重复评价，本文从定罪、量刑及刑法规定与政策性文件多重处罚依据逐一分析，得出不存在重复评价的结论。关于本罪量刑，本文认为《刑法》第二百九十四条对剥夺政治权利的规定存在模糊不清的问题，提出了范围应限缩在“选举权与被选举权、担任公职的权利”等两类政治权利，并尝试对法条重新表述，解决模糊不清的问题。关于对本罪的财产刑适用，本文首先对收缴、没收财产以及罚金刑、没收财产刑的性质、所针对的范围、适用的先后进行阐述，进而得出二者不存在矛盾的结论。扫黑除恶专项斗争开展以来，相关司法解释、刑事政策层出不穷、繁杂紊乱，本文建议出台《反有组织犯罪法》，对本罪的实体、程序层面进行梳理，整治乱象。针对黑社会性质组织与黑社会性质组织犯罪的认定，创新性地提出了二元认定体系，即先进行对黑社会性质组织的认定，第二步在已经确认案涉组织为黑社会性质组织的前提下，严格根据组织、领导、参加黑社会性质组织罪的犯罪构成对每位组织成员进行法律评价，简言之，先评价组织，再评价成员。