【摘 要】
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目的本研究采用亚硫酸氢盐测序技术结合生信分析筛选早期肺癌相关异常DNA甲基化,为进一步研究DNA甲基化在肺癌的早期诊断的临床价值奠定基础。方法收集宁夏医科大学总医院2021年6月-2021年10月的早期肺癌患者癌组织样本及配对癌旁组织样本10对。使用简化的亚硫酸氢盐测序(RRBS),初步得到肺癌DNA甲基化相关基因,采用生信分析对目标区域进一步分析,筛选甲基化差异性基因。结果1.肺癌组织与癌旁组织
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目的本研究采用亚硫酸氢盐测序技术结合生信分析筛选早期肺癌相关异常DNA甲基化,为进一步研究DNA甲基化在肺癌的早期诊断的临床价值奠定基础。方法收集宁夏医科大学总医院2021年6月-2021年10月的早期肺癌患者癌组织样本及配对癌旁组织样本10对。使用简化的亚硫酸氢盐测序(RRBS),初步得到肺癌DNA甲基化相关基因,采用生信分析对目标区域进一步分析,筛选甲基化差异性基因。结果1.肺癌组织与癌旁组织的CG位点在upstream2k,exon,cgi区段中,显示样本间(组间)甲基化水平聚集中心具有差异性。2.通过对癌组织,癌旁组织差异甲基化区域(DMR)检测,共检测到的DMR的个数为14838。其中高甲基化个数为10701,低甲基化个数为4137。以癌组织与癌旁组织之差Diff≥0.1且P<0.05为甲基化差异标准,多重检验校正,P值分别为:1.92E-29,1.94E-9,1.55E-10,2.45E-12(P<0.001),显示差异甲基化区域具有临床意义。3.DMR相关基因(如SGK1;RPS11;CREB3L1;CLMP;MMP2;KCNK16;PDE4B等)富集分析(GO和KEGG分析)表明差异性甲基化通过细胞合成,传递等过程影响肺癌的发生发展,并涉及多条肿瘤传导通路(包括神经活性配体通路,钙离子信号通路,MAPK信号通路,c MAP信号通路等)。结论1.早期肺癌组织和配对癌旁组织之间,基因组中DNA甲基化具有显著性差异性。2.GO分析显示,差异性甲基化基因与分子蛋白结合,细胞核及DNA分子的转导相关,通过细胞合成,传递等过程影响肺癌的发生发展,这可能为进一步研究肺癌早期诊断的生物标志物提供了有价值的方向。3.KEGG分析显示甲基化基因参与神经活性配体传导通路,c AMP信号通路,c GMP信号通路,MAPK信号通路多条肿瘤信号传导通路。这些信号传导通路,为肺癌的早期检测提供了研究线索。
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