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盐胁迫作为玉米生产过程中的主要非生物逆境之一,严重危害玉米的生长、发育和产量。不同玉米品系间对于盐胁迫的耐受性差异显著,但导致这一现象的遗传基础尚不明确。玉米耐盐性的遗传基础研究有利于玉米耐盐品种的培育。在本课题中,我们通过全基因组关联分析与转基因功能验证的方式解析玉米遗传群体的耐盐遗传基础;并构建重组自交系验证自然变异对玉米苗期耐盐能力的影响。前期研究中,根据全基因组关联分析和连锁分析相结合的办法我们选取7个基因作为候选基因,将其命名为Zm SAGs(salt-associated gene)。其中Zm SAG4编码的是SEC23蛋白,主要参与到内质网中蛋白质的运输,在缓解胁迫下所产生的内质网胁迫的过程中具有重要作用。另一个基因是编码MRE11蛋白的Zm SAG6,主要参与到盐胁迫下植物的DNA损伤修复过程。在拟南芥中过表达这两个基因后,转基因材料表现出比野生型更耐盐的表型,并在细胞内积累更多的脯氨酸。通过候选基因关联分析发现Zm SAG4中定位到包括SNP3341和SNP3583的7个与盐胁迫响应显著相关的SNP,同时拥有两个优良等位变异的Hap 4单倍型在关联群体中对盐胁迫表现出显著耐受。而Zm SAG6中位于起始密码子上游的SNP-781和SNP-4051是影响关联群体苗期对于盐胁迫响应最显著的位点,基于这两个位点所得到的单倍型Hap1和Hap 4材料都表现出对盐胁迫更为耐受的表型。此外,我们以HZLY-1(极端耐盐)和HZS(极端敏感)自交系材料为亲本构建重组自交系,将其命名为HH群体。重测序发现两个亲本在Zm SAG4 3’UTR上存在一个In Del,显著影响存活率。进一步,我们收集到HH群体盐胁迫处理下的株高、生物重和存活率等表型。HH群体及其相应表型数据除能用于验证上述In Del外,还可用于定位其它潜在的耐盐遗传位点。总之,本研究重点阐述了两个耐盐基因的功能及其优良等位变异,基于耐盐极端表型的双亲构建了一个稳定的重组自交系遗传群体,为玉米盐胁迫响应研究及育种提供了遗传材料及潜在的基因与标记资源。