股东知情权和公司商业秘密保护的冲突是公司法学研究的热点问题。随着经济现代化的发展,信息作为经济发展的核心之一,在生成、传播和适用过程中常面临着各种矛盾,信息公开与信息保密就是其中之一。通过对股东知情权与公司商业秘密保护基本理论分析,可知两者在理论和实践中均存在着冲突。理论上,股东知情权的设立有助于解决股东与公司及其经营者之间的信息不对称局面,改善股东特别是中小股东在公司治理过程中的不利处境。而公司商业秘密保护则是在反不正当竞争法领域通过对公司商业秘密的合法性认定,防止通过侵害商业秘密进行的不正当竞争行为,最终达到保护公司合法权益的目的。实践中,一方面,股东知情权本是为了有效保护股东的权益,但是该权利可能常常会被作为股东谋取个人利益的工具,滥用权利最终损害公司的利益。另一方面,为了维护企业在市场竞争中的优势,对其商业秘密进行法律保护,然而公司却经常以保护商业秘密为由拒绝股东行使知情权的请求,导致股东与公司的利益都不能得到应有的保护。两个制度的不同的价值追求决定了两者必然存在着冲突。当股东获取公司的信息涉及商业秘密时,这就牵涉到股东知情权与商业秘密协调保护的问题。股东知情权与商业秘密保护冲突的表现形式具体为：一是法律理念的冲突；二是法律原则的冲突；三是具体内容的冲突。进一步探究冲突的根源可知其主要源于法律价值的冲突、法律规定的疏漏以及权利的边界模糊等问题。要使股东的知情权与公司商业秘密都能得以有效的保护,不能仅单方面的强调股东知情权或公司商业秘密的强化和保护,而应当是在股东知情权与公司商业秘密相互博弈中设计一种相互制衡的制度,通过冲突及协调的研究,使股东知情权与商业秘密保护尽量达到一种平衡的状态。股东知情权和商业秘密保护冲突的协调可以从以下几个方面进行：首先明确协调的基本原则,即权利位阶原则和利益均衡原则；然后再从实体与程序两方面对股东知情权与商业秘密保护进行具体协调分析,实体法上从股东知情权体系的完善、“正当目的”与“合理理由”的界定、公司的信息披露制度的完善、股东保密义务四方面提出具体协调机制；程序法上的协调体现为规范股东知情权行使的程序、建立禁令制度、设立检查人制度,通过协调机制的构建使股东知情权与商业秘密保护达到最终的协调效果。