本研究以15个矮杆万寿菊雄性不育两用系、17个万寿菊杂交亲本（含部分矮杆两用系）和15个万寿菊杂交一代为材料,利用SSR分子标记和形态标记探讨矮杆两用系之间和杂交一代之间的遗传多样性,并进一步对矮杆两用系进行综合评价,探究杂交一代与亲本的亲缘关系,为选育具有优良性状的矮杆两用系和杂交一代,利用两用系育种提供理论依据。主要研究成果如下:1.根据花前期和群体花朵开放时间将15个矮杆两用系分为早花型长花期品系（C-4,C-10）,中花型长花期品系（C-3,C-5,C-8,C-9）中花型中长花期品系（C-20）,晚花型中长花期品系（D-1,D-3,C-6,C-12）,晚花型短花期品系（C-1,C-7,C-14）,晚花型长花期品系（C-11）。通过比较形态学指标发现,15个两用系在形态上的差异主要体现在花径和株高上。在数量性状中,有5对性状（株高与一级分枝数,株高与花朵数,冠幅与一级分枝数、株高与冠幅,冠幅与花朵数）呈显著或极显著正相关;在质量性状中,有6对性状（舌状小花顶端性状与花瓣类型,舌状小花顶端性状与舌状小花轮数,舌状小花轮数与花瓣类型、舌状小花顶端性状与小花类型,花瓣类型与小花类型）呈显著或极显著正相关。通过15个矮型两用系的表型性状聚类分析可以分为3大类,并筛选了整体表型性状优良的矮杆两用系3个,即C-9,C-14和C-12。上述分析为矮杆两用系选育、评价和了解相互间的亲缘关系奠定了基础。2.从48对引物中筛选出8对引物能够稳定扩增出清晰条带的多态性引物。引物扩增多态性比率为95%,平均每个位点等位基因数为2.45个。Shannon信息指数0.5834,多态信息含量为0.304,所选标记的多态信息含量能够满足对供试材料的遗传多样性分析。供试材料具有较为丰富的遗传多样性,且UPGMA聚类分析结果与主坐标分析结果一致。此外,利用SSR标记构建了15份矮杆两用系的分子指纹图谱,为15个矮杆两用系的鉴定与利用提供了依据。3.15个杂交一代在形态上的差异主要体现在株高和冠幅上。聚类分析将15份万寿菊种质资源分为5大类,不同类别的万寿菊,其分类的依据主要体现在株高的差异上。15个杂交一代具有不同程度的综合超亲优势和综合中亲优势,对于超亲优势和中亲优势较高的杂交一代（如组合5,组合18）,后期可重点关注并加以应用。4.15个杂交一代群体遗传距离为0.0645-0.7332,平均遗传距离为0.402,遗传差异相对较大,杂交一代间遗传多样性水平较高。Popgene群体间聚类结果显示,杂交一代更倾向于父系遗传。通过F统计量分析可知,Fst平均值为0.0519,表明万寿菊群体遗传变异主要来源于群体内（94.8%）,群体间的遗传分化很小。