甘肃省地处我国西北地区,环境质量差、土地荒漠化沙化严重,以祁连山自然保护区为例,企业违法的生产经营活动造成环境污染问题日益严重。本文根据可持续发展论,认为甘肃省应将保护资源环境作为首要任务,大力发展环境审计。考虑到甘肃省政府环境审计在实践工作中受到诸多因素制约,没有充分有效发挥保护环境的作用,本文以祁连山事件为研究案例,针对案例暴露的甘肃省政府环境审计存在的问题以及一系列应对措施展开研究。本文采用问卷调查法和案例分析法,对甘肃省政府环境审计现状及存在的问题进行分析研究。首先,利用问卷调查收集的数据资料,对甘肃省政府环境审计发展情况作出总结,发现甘肃省政府环境审计在对环境审计作用认识、队伍建设和工作开展等方面存在不足。其次,对祁连山事件进行研究后发现,甘肃省政府环境审计在实践工作中存在未贯彻国家审计全覆盖的要求、独立性难以保证、胜任能力差等问题。通过分析可知,环境审计队伍建设不足和工作开展不到位是导致其实践工作出现问题的原因之一。最后,针对上述问题提出相应措施,第一,加强对政策的学习,全面开展环境审计工作。第二,丰富政府环境审计内容。第三,制定应对措施,保证环境审计独立性。第四,建设专业审计队伍,提升环境审计胜任力。第五,运用地理信息技术辅助审计。本文希望通过这些建议措施提高甘肃省政府环境审计工作水平,同时为其他地方政府环境审计的发展提供一定的借鉴。