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FoxO1和Myf6基因是重要的肉品质候选基因，巴美肉羊和苏尼特羊是我国内蒙古地区的典型优质品种，利用分子生物技术研究基因对其肉品质的影响具有重要意义。本试验通过检测6月龄、12月龄巴美肉羊和苏尼特羊FoxO1、Myf6基因CpG岛的甲基化状态，并测定其不同部位中的基因mRNA表达量及肉品质指标，研究基因甲基化水平与mRNA表达和肉品质三者之间的相关关系。结果表明： 对FoxO1、Myf6基因序列进行分析，预测出FoxO1基因含有1个CpG岛， Myf6基因含有2个CpG岛；经BSP方法检测，FoxO1基因CpG岛为高度甲基化， Myf6基因CpG岛1为低度甲基化，CpG岛2为中度甲基化且具有位点特异性。Myf6基因CpG岛2的整体甲基化水平在苏尼特羊中12月龄显著高于6月龄；含有的20个CpG位点中3、4、8位点的甲基化率组间差异显著，可作为差异甲基化位点进一步研究。 基因甲基化水平与mRNA表达量的相关性分析发现，在巴美肉羊和苏尼特羊中FoxO1基因和Myf6基因三个CpG岛的甲基化水平对其mRNA表达量均没有显著性影响。 FoxO1基因CpG岛与Myf6基因CpG岛1在巴美肉羊和苏尼特羊中的甲基化水平与各肉品质指标相关性均不显著；Myf6基因CpG岛2甲基化水平与巴美肉羊臂三头肌的红度值呈显著正相关，与苏尼特羊背最长肌的pH1呈显著负相关。 FoxO1基因mRNA表达量在巴美肉羊臂三头肌中与红度值、胴体净肉率呈显著正相关，在苏尼特羊中与背最长肌的pH1、臂三头肌的pH2均呈显著负相关；Myf6基因mRNA表达量在巴美肉羊的背最长肌和臂三头肌中分别与净肉率和胴体净肉率呈显著正相关，与股二头肌pH1呈显著负相关，在苏尼特羊背最长肌中与黄度值呈极显著正相关，在股二头肌中与红度值、胴体重呈显著正相关，与宰前活重、净肉重、净肉率呈极显著正相关，与亮度值、屠宰率呈极显著负相关。进一步说明FoxO1和Myf6基因作为肉质候选基因与羊肉品质之间存在一定的关联性，调控这两个基因的表达能够影响羊肉品质。