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手足口病是儿童常见的发热出疹性良性疾病，由多种人类肠病毒感染所引起，其中以肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CAV16)最为常见。肠道病毒71和柯萨奇病毒A组16型基因结构极其相似，引起的临床表现很难区分，但是肠道病毒71感染会发展为严重的中枢神经系统疾病，甚至死亡。
检测和区分肠病毒血清型一般依赖于传统的免疫学方法，但由于肠病毒表面蛋白抗体有限，导致很多临床分离株不能分型。而基因芯片技术可以高度精确地检测多个血清型。本实验联合半巢式逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和芯片技术同时检测和分型肠道病毒71和柯萨奇病毒A组16型，设计和合成的引物和寡核苷酸探针位于VP1基因区域。实验收集399份手足口病人或者可能是手足口病人的粪便样本，并应用RT-PCR对其进行初步筛选，结果显示139份临床样本为肠病毒阳性；然后应用芯片技术对399份临床样本进行检测，将其芯片结果与DNA测序结果进行比较，结果显示芯片肠道病毒71的灵敏性和特异性分别为100％和92.5％，柯萨奇病毒A组16型的灵敏性和特异性分别为100％和95.9％。本实验制备的芯片最低检出量为101拷贝数每微升，同时该芯片没有呈现出交叉反应。这个高灵敏和特异的芯片可能成为在临床上检测肠道病毒71和柯萨奇病毒A组16型的有效方法。