高技术产业对我国经济发展起着非常重要的作用,为了争取在激烈的市场竞争中占据有利地位,各省市都加大了对高技术产业的科技投入。但是,科技投入的多少与其竞争力的高低并不一定呈现正相关,而科技投入产出的效率则起着更为关键性的作用。科技投入产出分为技术生产和技术改造与应用两阶段系统,各区域的科技创新包括对技术生产和技术改造与应用的分别创新,即协同创新。要提高科技创新的效率,就要提高科技投入产出的两子系统创新的效率,只有两子系统的创新起到协同效应,才会使整个系统的效率得到提高。总之,科技投入产出两阶段的科技协同创新效率的提高可以使整个投入产出系统的科技创新效率得到很大提高。　　 本文从产学研的另一视角,即针对我国各省市和我国八大区域的高新技术产业自身的投入产出效率进行研究,构建了企业科技投入产出链的两阶段DEA模型。考虑到产学研的滞后性,即成果转换时滞,对第一阶段的投入产出、第二阶段的投入产出和最终产出分别采用第t年、第t+l年、第t+2年的数据。在运用该模型对各省市和八大区域的高新技术产业科技创新效率测算之前,使用改进的灰色关联度模型对其两阶段的投入产出以及最终产出进行关联度分析,得出之间有着高度的关联性,从而说明本文选取投入产出指标和运用模型的准确性。然后通过构建单因子回归模型,检验得到了技术生产和技术改造与应用两子系统协同创新水平与我国各省市和区域的科技整体创新效率有着明显的正相关关系。　　 基于链式DEA模型对我国28省市和我国八大区域的高新技术产业的科技投入产出数据进行了研究对比,发现我国各省市和各区域在第一阶段、第二阶段和综合阶段上的科技投入产出效率存在很大的差别。部分区域科技创新效率很低,从而导致整体的科技创新效率也很低。本文利用SPSS的欧氏距离根据投入产出效率把我国28省市和八大区域分为效率兼优型等四类,绘制出效率图谱,得出提高各个靶阶段效率可以改进整体投入产出效率,最后提出政策建议。