农村集体经济组织，是我国农村实行土地等基本生产资料公有制的经济组织形式。其经过制度变迁，在市场经济体制下面临运行困境。这些困境是由哪些制度缺陷引起，是什么原因造成这些制度缺陷，有何创新对策予以改善和规范等，日前国内鲜有学者进行系统研究。因此，本文关于农村集体经济组织的制度创新研究对于这一组织的健康发展具有一定参考价值。本文综合运用制度创新理论、产权理论、法人理论、组织权变理论等理论成果，从财产特性、资产禀赋、产权属性、组织功能、法人地位、治理结构、制度原则、制度环境等方面入手，采用理论分析与实证分析相结合、动态研究与静态研究相结合的研究方法，对农村集体经济组织的制度变迁、制度现状、制度缺陷及其影响、造成制度缺陷的主要原因等进行深入分析研究，并在研究结论的基础上提出完善内部制度安排、外部制度关系和相关制度环境的制度创新对策建议。可能创新之处：(1)提出了村民自治是农村政治、经济、文化和社会事业的综合自治，农村集体经济组织是我国村民自治的经济经营组织，民主经营管理农村集体资产是村民自治的重要内容；(2)提出了农村集体经济组织是独立企业法人，应建立起法人治理结构，主要经营职能是负责农村集体资产及其收益的经营管理；(3)提出了农村集体财产的分类管理和农村集体资产的分类经营制度原则；(4)提出了农村集体经济组织的设立、治理和运行的制度原则。主要研究结论：(1)组织设立应遵循“生产资料保障单重直接性、组织生存集体土地依附性、政治经济组织地域重叠性”三项设立制度原则；(2)组织治理应遵循企业法人权力制衡治理结构的制度原则；(3)农村集体财产管理和经营应遵循“经营性集体资产由农村集体经济组织经营管理、非经营性集体财产由村民(小组)委员会负责利用管理”和“资源性农村集体资产实行承包经营方式、非资源性农村集体资产实行灵活经营方式”分类管理和分类经营制度原则；(4)组织运行应遵循“集体资产产权结构不具体分解到成员个人、集体资产经营方式不直接组织成员统一进行具体生产经营活动、集体资产经营收益不直接分配给成员个人”三项运行制度原则；(5)双层经营体制要建立在完善的农业社会化服务体系之上；(6)村民自治是农村政治、经济、文化和社会事业的综合自治。制度创新的对策建议：(1)改变多层设立现状，实行村或组单层设立；(2)赋予农村集体经济组织企业法人地位，建立企业法人治理结构；(3)把非经营性集体财产从农村集体经济组织中分离出去，由村民(小组)委员会行使财产所有权并负责利用管理；(4)农村集体经济组织只统一负责集体资产经营，不负责具体生产经营；(5)完善村民自治制度和农业社会化服务体系；(6)制定《农村集体经济组织法》，同时修订既有相关法律法规部分条款；(7)完善农村社会综合管理体制。