【摘 要】
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目的膀胱癌是泌尿系统中常见的恶性肿瘤,发病率与致死率逐年攀升,近些年随着精准医疗不断发展,肿瘤免疫治疗已成为继放疗、化疗、靶向治疗之后的新的研究热点。越来越多证据表明,肿瘤特异性抗原、免疫检查点分子以及肿瘤微环境与癌症发生发展密切相关。抗原可在一定程度上激活免疫系统克服肿瘤引起的免疫抑制状态,增强激活免疫功能,达到抗肿瘤治疗。本研究通过识别膀胱肿瘤的突变抗原及预后为癌症治疗性疫苗初步设计作出探索。
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目的膀胱癌是泌尿系统中常见的恶性肿瘤,发病率与致死率逐年攀升,近些年随着精准医疗不断发展,肿瘤免疫治疗已成为继放疗、化疗、靶向治疗之后的新的研究热点。越来越多证据表明,肿瘤特异性抗原、免疫检查点分子以及肿瘤微环境与癌症发生发展密切相关。抗原可在一定程度上激活免疫系统克服肿瘤引起的免疫抑制状态,增强激活免疫功能,达到抗肿瘤治疗。本研究通过识别膀胱肿瘤的突变抗原及预后为癌症治疗性疫苗初步设计作出探索。此外,鉴定出膀胱癌的免疫表征相关分子分型,基于免疫微环境的状态,分析不同亚型肿瘤免疫相关特征,以便区分异质性队列中患者,选择合适的治疗群体。方法从TCGA和GEO数据库中获取基因表达谱和相应的随访数据,Imm Port数据库提取完整的免疫相关基因列表。通过c Biopotal数据库WES进行可视化和分析,基于TIMER中分析免疫细胞与肿瘤突变抗原的相关性。通过扩增,突变,预后以及免疫细胞浸润相关性逐步缩小潜在的肿瘤抗原范围,并通过实时定量PCR(q RT-PCR)进行验证筛出的抗原表达。GEPIA对突变及预后相关抗原进行生存分析,基于免疫相关表达谱采用无监督性一致性聚类分析免疫亚型,比较亚型之间免疫微环境,利用流形学习算法构建免疫景观以展示个体膀胱癌的免疫征象。WGCNA通过表达量聚类分析及免疫表型相关联。鉴定关键模块,以及不同模块之间在不同分型之间特征根基因比较、通路富集分析,最后比较模块与PCA相关性。结果根据分析得出3个预后相关可能成为m RNA疫苗治疗的潜在突变抗原(CYTH3、OSBPL6和EHBP1),q RT-PCR显示两种抗原在膀胱癌细胞系中呈显著高表达。此外,鉴定出膀胱癌患者分为两个免疫相关亚型,IS1和IS2,IS2患者的存活率高于IS1患者,分析不同亚型之间免疫微环境,IS1患者较IS2表现为免疫细胞浸润丰富状态,根据比较不同免疫分型免疫治疗指标,其中免疫检查点和免疫原性细胞死亡调节因子的表达均存在显著差异。进一步利用免疫表达图谱揭示了患者个体的免疫状态具有免疫异质性。此外、识别出14个免疫基因相关模块。IS1特征根基因显著高于IS2,蓝色模块与PCA具有显著相关性。结论本研究初步鉴定了CYTH3、OSBPL6是设计抗膀胱m RNA疫苗初步探索的潜在抗原,根据免疫微环境特征相关分析,IS1型患者是更适合接种免疫治疗性肿瘤疫苗的人群。同时为膀胱癌的靶向治疗提供潜在靶点。图19参45
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