金花茶(Camellia nitidissima)隶属于山茶科山茶属,分布在我国南部和越南北部,在我国间断分布在十万大山东南面的防城地区和西大明山南面的南宁地区。该物种包括两个变种:金花茶原变种(Camellia nitidissima var.nitidissima)和小果金花茶(Camellia nitidissima var.microcarpa)。金花茶具有很高的观赏价值和药用价值,在经济利益的驱动下,其野生植株遭到毁灭性盗挖,现在很难找到野生植株。金花茶原变种和小果金花茶已分别被列为易危和濒危状态。本研究基于一个叶绿体小拷贝区域片段、两个单拷贝核序列PAL phenylalanine ammonia-lyase)和RPB2基因的第23个内含子序列对分布在我国的9个金花茶种群共91个个体进行谱系地理学分析,了解金花茶的遗传多样性和遗传结构,进而探讨金花茶间断分布格局形成原因以及影响金花茶遗传结构的因素,最终提出合理的保护措施。主要研究结果如下:1)金花茶叶绿体序列的总长度为5190bp,含有13个多态性位点,共7种单倍型(C1-C7)。叶绿体序列的单倍型网络图和最大似然树(ML)树,均表明金花茶种群按照地理分布(防城和南宁地区)分为2个遗传组。金花茶原变种种群的空间分子方差(SAMOVA)分析结果也按照间断分布区分组。金花茶单拷贝核序列PAL总长度661bp,含有27个多态性位点,共20种单倍型。核序列RPB2的总长度为960bp,含有41个多态性位点,共20种单倍型。两个核序列的空间分子方差(SAMOVA)结果显示分为2个遗传组,除了BB种群外,其他种群均按照地理分布分组(CL、CN、CD、CJ和BB种群;CF、CFH和CR种群)。当依据两个核序列的SAMOVA结果分组时,AMOVA揭示组间的遗传变异程度(PAL,34.67%;RPB2,29.26%)与先前基于AFLP标记的分析结果一致(两区域间变异百分比,36.09%,无BB种群)。2)基于叶绿体和两个单拷贝核序列(PAL和RPB2)均表明金花茶具有中等水平的遗传多样性(cpDNA,n=7,h=0.837,π=0.00082;PAL,n=20,h=0.858,π=0.00557;RPB2,n=20,h=0.884,π=0.00857)。3)单拷贝核序列PAL的单倍型网络图显示防城地区种群特有的单倍型H11具备祖先单倍型的特征,且单倍型网络图呈星射线状也表明了单倍型H11存在扩张。因此金花茶的间断分布格局可能是扩散形成的,且扩散的方向从防城(南)到南宁(北)。金花茶从南向北的扩散方向与山茶属和金花茶组的传播方向一致。4)基于叶绿体DNA序列、单拷贝PAL和RPB2序列均显示小果金花茶和金花茶原变种间无共享单倍型,这表明小果金花茶和原变种间存在很大的遗传分化。RPB2单倍型网络图显示,小果金花茶单倍型R2-R5与剩余的单倍型间至少存在10步突变,小果金花茶的单倍型可能通过杂交或基因渗透转移了其他山茶属物种的基因,导致小果金花茶与原变种间存在很大的遗传分化。5)长期的地理隔离可能促进了两间断分布区种群间的遗传分化。另外,基因渗透可能也促进了南宁地区金花茶原变种种群间的遗传分化。基于单拷贝核序列PAL和RPB2的单倍型网络图,表明南宁地区的CFH和CR种群可能发生了基因渗透现象,转移了其他山茶属未知物种基因。而位于平果县坡造乡的BB种群,由于没有发生基因渗透,导致BB种群与南宁地区的原变种种群间产生遗传分化。6)本研究的遗传数据表明,每个金花茶种群均存在特有的单倍型,因此所有种群都需要进行保护。小果金花茶与金花茶原变种间存在很大的遗传分化,因此,小果金花茶应当作为1个管理单元。野外调查发现在小果金花茶的野外分布点,仅存在分散的幼苗,应当保护小果金花茶原生境。金花茶原变种种群分为3个管理单元,防城地区的CL、CN、CJ、CD种群作为一个管理单元,BB种群作为一个管理单元,CF、CFH和CR种群作为一个管理单元。在BB和CR种群的野外分布点几乎很难找到金花茶的野生植株,仅在当地居民家中移植有少量成年植株,则应当迁移一些个体到种质资源库中。