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宫颈癌是全球女性最常见的恶性肿瘤之一,人乳头瘤病毒(Human Papillomavirus,HPV)的持续感染是诱发宫颈癌最重要的因子。在宫颈癌的样本中,HPV的阳性率超过80%,有的地区甚至接近100%。根据致癌潜力的不同,HPV分为高危型、疑似高危型和低危型。一般来说,高危型(High Risk,HR)HPV与宫颈癌的发生密切相关。目前已经确认的HR-HPV有15种,HPV39是其中之一,且有研究表明它在宫颈癌中的阳性率约为1.3%,有的地区甚至高达5.8%。HPV39属于乳头瘤病毒科Alpha乳头瘤病毒属第7种第39型,其基因组全长为7833bp,包括E6、E7、E1、E2、E4、E5、L1和L2共六个开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)。我们在GenBank数据库中搜索了 HPV39的核酸序列,截止2016年1月14日,共有121个HPV39序列,其中全长序列20个,来自多个国家和地区,以全长序列为基础,分为A和B两个系,其中A系又分为A1和A2两个亚系,但是具体到中国大陆的HPV39的全长序列还未见相应的报道。不同的HPV型别对宫颈上皮的致病性不同,其在不同的国家或地区的流行病学分布亦不相同。HPV39作为常见的高危型别在国内的研究很少,对于HPV39的流行病学分布和序列信息尚需了解,也没有进行实验室检测的标准品。因而了解我国HPV39的人群分布特征及分离株特点,建立标准品,对HPV39感染的筛查及防控具有重要意义。为了研究北京地区HPV39型的感染情况及其分布规律,我们收集了 2013年1月至2014年7月就诊于中国人民解放军总医院妇产科,并在30天内同时行HPV分型检测及新柏氏液基薄层细胞学检测的女性患者19018例,其中HR-HPV阳性患者3623例,HPV39阳性为518例,在总人群中的占比为2.72%,在HR-HPV阳性人群中的占比为14.30%。在宫颈病变阴性人群中,HPV39在不同年龄组的阳性率依次为 21-25 岁(2.98%),26-30 岁(2.53%),31-35 岁(2.37%),36-40岁(1.48%),41-45 岁(2.08%),46-50 岁(2.44%),51-55 岁(2.23%),56-60岁(1.92%)和61岁及以上(1.13%)。在HPV阳性人群中,HPV39在不同宫颈病变中的阳性率依次为上皮内病变或恶性病变阴性(15.08%),意义不明确的非典型鳞状上皮细胞(14.29%),低度鳞状上皮内病变(18.52%)和高度鳞状上皮内病变(5.71%)。本研究通过把HPV39基因组全长分为三段进行PCR的方法,获得了 15个HPV39分离株。测序结果显示,15个分离株的序列均不相同,且与欧洲株原型(序列编号为M62849)相比,共121个位点发生了突变,突变率为1.54%。以全长序列构建的进化树显示,本研究15个分离株均属于HPV39的A系,其中12个分离株属于A1亚系,主要集中在两个分支,分支一包括6个分离株(编号为J32-42、J05-75、J04-23、J31-13、J05-20 和 J39-50),在 792、937、3316、3500、3599和5383共6个位点存在连锁突变;分支二包括3个分离株(编号为 J24-66、WJ08-13 和 J33-49),在 87、3922、6428 和 7214 共 4个位点存在连锁突变。3个分离株属于A2亚系,其中2个分离株(编号为J31-44和J33-09)存在7个位点的连锁突变,即558、853、1731、2857、3497、4354和6569。除此之外,以国内HPV39分离株为基础,本研究通过TA克隆技术将HPV39病毒基因组全长分三段进行PCR扩增后连接到pMD18-T载体,建立了 HPV39标准品。通过本研究,我们获得以下结论:(1)本研究中HPV39的总感染率为2.72%,占HR-HPV阳性人群的14.30%。HPV39在21-25岁组和46-50岁组的感染率较高,年龄分布呈现“双峰型”。随着宫颈病变程度的加深,HPV39阳性率呈现先上升后下降的趋势,其中低度鳞状上皮内病变中的阳性率最高,为18.52%。(2)本研究确认了 3种HPV39的分离株,且均属于A系。(3)建立了覆盖HPV39基因组全长的标准品。