采用优化SDS法，成功地提取适合作分子生物学研究的狗牙根总DNA，建立了狗牙根RAPD反应优化体系。对100个Operon公司的随机引物进行了多态性筛选，10个引物的扩增结果被用于RAPD分析，根据分析结果计算了16个狗牙根居群的遗传相似系数，并进行聚类分析。结果表明： 1)对100个随机引物进行多态性筛选，36个(36％)能产生多态性；10个引物在16份材料中共产生分子量不同的116个RAPD标记，其中多态性带108条，占93.1％。野生居群与坪用栽培居群间在9.25％的多态性位点上明显不同；10个居群检测到了特异性扩增。说明狗牙根种内不同居群间仍然存在遗传差异 2)16个狗牙根居群的遗传相似系数在0.3457～0.8611之间，以0.58的相似系数进行划分，可将16个狗牙根居群分为两类：4个坪用栽培居群聚为一类，12个野生居群聚为一类。12个野生居群间的亲缘关系与地理分布有一定的相关性。与12个野生居群相比，坪用栽培居群间的遗传差异较小，原因是坪用栽培居群受人为选择压力的影响较大，被迫丢失了许多基因，居群的遗传趋同