在当今的知识经济时代中,产业竞争已经由资源和资本竞争转变为科技成果转化为有效生产力的竞争,科技创新已经成为保持经济可持续发展的关键支撑。然而,科学技术的复杂性、技术创新的不确定性和创新模式的融合性加剧,使传统的产学研合作模式已无法满足现有的科技创新需求。我国一系列关于创新的发展规划及颁布的相关政策,标志着协同创新已经上升为国家战略。在我国当前倡导协同创新的时代背景下,企业、高校和政府成为创新系统中的重要支柱和主要力量,以此为基础的协同创新受到了学者们的广泛关注。然而协同创新系统内部各主体之间的相互作用关系、决定系统演进的动力以及系统的演化机制等问题尚在探索之中,亟需大量的研究来丰富与充实。论文在回顾现有研究的基础之上,对协同创新的定义进行了辨析,对自组织理论、三螺旋理论等基础理论进行了介绍。首先分析了我国协同创新系统的自组织特性,并对自组织理论、三螺旋理论应用于我国协同创新系统的演化机制研究的适用性进行了分析。然后,以三螺旋理论为视角,将合作分为大学-企业、大学-政府、企业-政府、大学-企业-政府四种类型,并利用我国21个省市2011-2012年的发明专利申请信息数据,对我国协同创新系统的发展现状进行了研究。在此基础之上,运用哈肯模型对我国协同创新系统自组织演化的序参量进行了识别。最后,在分析协同创新系统内部各子系统的演化基础之上,对我国协同创新系统的自组织演化机制进行了探索。研究结果表明,我国协同创新系统是自组织系统,大学-企业的合作是我国协同创新系统自组织演化的序参量,在演化过程中起支配和主导作用。协同创新系统的演化是系统创新能力不断发展、系统结构创新承载力不断提升的含有自催化的超循环自组织过程。并就如何促进协同创新系统的可持续发展,提出了相关建议。