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大量研究表明母乳与人体其他部位一样存在庞大的菌群,其中的一部分微生物已被证实在孕产妇炎症的抵抗和婴儿免疫系统的构建等方面发挥重要的潜在益生作用。本研究在我国广西壮族自治区、江苏省、河北省和黑龙江省四个地区共征集60名志愿者产妇提供60份母乳作为试验样品。应用荧光定量PCR技术和基于16S rDNA VI-V3可变区的宏基因组测序技术,加之后期生物信息学分析对试验样品中的微生物群落结构和多样性进行研究。研究结果表明,在门的水平上,共鉴定出35个菌门,其中变形菌门(Proteobacteria,62.79%)、硬壁菌门(Firmicutes,26.84%)、放线菌门(Actinobacteria,5.96%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,3.96%)的含量共占到了测序序列总数的99.55%。在属的水平上,共鉴定出608个细菌属,其中相对含量大于1.0%菌属包括：不动杆菌属(Acinetobacter,20.26%)、假单胞菌(Pseudomonas, 11.93%)、肠杆菌属(Enterobacter,5.24%)、沙雷氏菌属(Serratia,4.30%)、水栖菌属(Enhydrobacter,2.02%)、单胞菌属(Sphingomonas,1.71%)、克雷伯氏菌属(Klebsiela,2.83%)、罗尔斯通菌属(Ralstonia,1.25%)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,4.16%),链球菌属(Streptococcus,14.49%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,9.29%)和芽孢杆菌属(Bacillus,1.41%),罗氏菌属(Rothia,2.35%)和棒状杆菌属(Corynebacterium,1.67%)。基于荧光定量PCR的6个常见菌属定量结果显示,肠杆菌属(Enterobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)进行了定量分析,结果显示在每毫升母乳中的基因拷贝数取对数后分别为5.01±1.01、4.27±1.18、5.59±1.31、4.37±1.25、3.45±0.56和3.53±0.23个。基于地理位置和母乳类型的核心菌群分析,结果显示居住于四个不同地理位置的志愿者产妇母乳核心菌群包括不动杆菌属(Acinetobacter)、肠杆菌属(Enterobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)和链球菌属(Streptococcus)、初乳和成熟乳两种不同类型的母乳核心菌群包括克雷伯氏菌属(Klebsiella)、罗尔斯通菌属(Ralstonia)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、水栖菌属(Enhydrobacter)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、沙雷氏菌属(Serratia)、肠杆菌属(Enterobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)和不动杆菌属(Acinetobacter)。进一步基于相关系数分析结果显示含量最高的不动杆菌属(Acinetobacter)和其它菌属之间呈现较明显的负相关,而金黄杆菌属(Chryseobacterium)和茎菌属(Caulobacter)与大部分菌属呈现出正相关。通过基于地理位置、母乳类型和分娩方式三大因素对60份母乳样品进行微生物群落α和β多样性的差异性分析,结果显示生活在不同地理位置和采用不同分娩方式的志愿者产妇母乳中的微生物多样性均存在一定的差异,但差异不显著；而在初乳和成熟乳两种不同类型的母乳中的微生物多样性存在显著差异,差异菌属为：肠杆菌属(Enterobacter)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、弓形杆菌属(Arcobacter)、芬戈尔德菌属(Finegoldia)、土壤农杆菌属(Agrobacterium)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、细小杆菌属(Microbacterium)和鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)。可见,影响母乳中微生物的结构和多样性的因素主要为母乳类型。