本研究以南方黄牛云岭牛和文山牛的背最长肌组织为实验材料,以西门塔尔牛的背最长肌组织为对照,比较不同牛品种的肉品质的差异,利用甲基化修饰依赖性内切酶测序法(MethylRAD-seq)和亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)技术分析比较不同品种牛背最长肌的甲基化图谱,分析甲基化对不同品种牛肌肉肉质的调控影响。结合MethylRAD-seq和实验室已有的RNA-seq的数据,分析甲基化对不同牛种肉质基因的表达调控,进一步研究甲基化对牛背最长肌的调控机制。背最长肌肉品质测定结果表明,牛肉中pH值和失水率在云岭牛、文山牛和西门塔尔牛之间差异不显著(P>0.05),云岭牛和文山牛的脂肪百分含量显著高于西门塔尔牛(P<0.05),西门塔尔牛的蛋白质含量显著高于文山牛(P<0.05)。本次实验测定的4种常见脂肪酸(肉豆蔻酸、棕榈酸、棕榈油酸和硬脂酸)在云岭牛,文山牛和西门塔尔牛之间的含量差异不显著(P>0.05)。MethylRAD-seq分析结果表明,云岭牛、文山牛和西门塔尔牛分别有7027017(57.74%),6405515(56.37%),6734119(58.12%),6092960(54.82%),5510367(56.94%),7204540(62.06%),6829702(61.38%),6759345(54.58%),6901684(57.14%)个reads可以比对上牛参考基因组的唯一位置,这三种牛基因组中主要的甲基化模式是CpG型。唯一比对上的reads主要分布在gene和mRNA上。不同牛品种之间比较,以西门塔尔牛为对照组,在云岭牛肌肉组织中共检测到39个甲基化差异基因,在文山牛肌肉组织中共检测到123个甲基化差异基因,以文山牛为对照组,云岭牛肌肉组织中共检测到104个甲基化差异基因,只有一个差异基因(ALDH3A1)在西门塔尔牛、文山牛和云岭牛之间甲基化水平均显著差异(P<0.05)。KEGG pathway分析表明,这些甲基化差异基因显著富集的信号通路主要是氨基酸代谢,Ras信号通路、α-亚麻酸代谢、血管平滑肌收缩、脂肪消化吸收、醚类脂质代谢等(P<0.05)。MethylRAD-seq和实验室已有的RNA-seq结果的联合分析表明,西门塔尔牛和文山牛之间有21个基因甲基化程度和表达量均差异,西门塔尔牛和云岭牛之间有24个差异甲基化和表达基因,文山牛和云岭牛之间有80个差异甲基化和表达基因。本研究利用亚硫酸氢盐测序技术(BSP)检测3个候选基因(ACAD11,FADS6,FASN)启动子区甲基化程度,并分析基因表达量与启动子区甲基化程度之间的关系。结果表明,FADS6和FASN整体的DNA甲基化程度与表达量呈现负相关,西门塔尔牛FASN的DNA甲基化程度显著高于云岭牛和文山牛(P<0.05),FADS6的DNA甲基化程度在三个品种的牛之间差异不显著,FADS6的CpG4位点的甲基化程度西门塔尔牛品种显著高于云岭牛品种,CpG7位点的甲基化程度西门塔尔牛和云岭牛品种显著高于文山牛品种,除了 CpG7、CpG9、CpG19、CpG14、CpG15位点以外,其余位点的甲基化水平和表达量之间的关系为负相关。FASN的CpG1、CpG2、CpG3、CpG5、CpG7、CpG10位点甲基化水平和表达量之间的关系为负相关。