芥蓝转录组测序和BocODD1/2功能鉴定

来源 :华南农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qq452723692
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
硫苷是一种重要的次生代谢物质,主要存在于芸薹属植物中,参与植物的各种反应,包括抗逆、抗虫、抗病菌等,同时也参与人体抗癌和抗氧化作用,在不同组织部位硫苷含量差异显著,但目前缺乏系统的对各组织部位硫苷基因表达进行研究。在硫苷合成代谢中存在2-含氧依赖双加氧酶(ODD)基因,在拟南芥中该基因合成酶催化3-丁烯基硫苷(NAP)向2-羟基-3-丁烯基硫苷(PRO)的转化,而PRO硫苷是芸薹属植物苦味的主要来源,降解产物能导致猪的甲状腺肿。在不同品种不同组织部位硫苷含量差异显著,对ODD的研究可为选育低含量的PRO硫苷奠定分子生物学基础。本研究以芥蓝(Brassica olearcea var.chinese Lei)为材料,利用转录组测序分析硫苷代谢相关基因表达模式,筛选出在根中显著表达的GSL-OH位点的ODD同源基因,命名为Boc ODD1和Boc ODD2,可能与PRO硫苷的合成有关,克隆了这两个同源基因,分析了其表达模式以及在PRO硫苷合成中的功能,具体研究结果如下:(1)通过对芥蓝老叶(SL)、成熟叶(ML)、嫩叶(YL)、叶脉(LV)、叶柄(Pe)、嫩茎(YB)、中间茎(MB)、茎皮(BS)、花芽(FB)、根茎结合位点(CS)和根(Ro)11个不同组织转录组测序,获得一系列差异表达基因,对部分基因进行了表达特性的分析,并对其中12个基因包括Unigenes-73909(MAM1/2)、Unigenes-38232(IPMDH1)、Unigenes-55852(BCAT-4)、Unigenes-70138(CYP79F1)、Unigenes-71114(CYP83A1)、Unigenes-71455(CYP83B1)、Unigenes-76549(SUR1)、Unigenes-45871(STb)、Unigenes-57901(FMOGS-OX1)、和Unigenes-71928(IGMT2)、Unigenes-106064(GSL-OH)、Unigene-34010(GSL-OH)进行q RT-PCR验证,q RT-PCR验证的结果与转录组中获得的结果相符。(2)重点分析了一个在根中高表达的GSL-OH位点的ODD基因。根据转录组测序获得的序列(Unigene_34010和Unigene_106064)在芥蓝中扩增出3个同源基因,分别命名为Boc ODD1、Boc ODD2和Boc ODD3。这三个基因属于2-oxoglutarate/Fe(II)dependent dioxygenase基因家族,具有典型的2-oxoglutarate/Fe(II)dependent dioxygenase保守结构域。其中Boc ODD1基因ORF长度为1077 bp,可编码358个氨基酸;蛋白质相对分子质量为40230.23 k Da,理论等电点为6.87;Boc ODD2基因ORF长度为1077 bp,编码358个氨基酸,相对分子质量为40182.08 kDa和理论等电点为6.19;Boc ODD3基因ORF长度为801 bp,编码266个氨基酸,蛋白质相对分子质量为30122.56 k Da,理论等电点为5.27。三个Boc ODD基因之间的同源性达到90%以上,Boc ODD1与Boc ODD2达到95%。三个基因与十字花科中的ODD具有不同程度的同源性,而与甘蓝和白菜亲缘关系较油菜更近。(3)不同品种、不同组织中硫苷含量差异显著,为了研究硫苷合成基因表达水平与硫苷差异积累的关系,本研究从两个芥蓝材料省种(高PRO/NAP比值)以及桃山中花(低PRO/NAP比值)中克隆了Boc ODD1/2,分析了其序列特点和表达模式。结果表明,在两个品种中,Boc ODD1和Boc ODD2序列没有差异;而喷施Me JA、IAA以及GA3后Boc ODD1和Boc ODD2表达量显著上调,PRO/NAP的比值显著上升,推测内源激素是造成硫苷含量差异的原因之一,同时发现Boc ODD1与Boc ODD2的表达模式与PRO/NAP比值存在正相关关系,表明Boc ODD1与BocODD2影响NAP向PRO的转化效率。(4)亚细胞定位对于系统性的研究基因在植物生长发育中的功能有着重要的意义。本研究构建了GFP融合蛋白并转染烟草。定位结果显示,Boc ODD1与Boc ODD2在细胞膜和细胞核中均有分布,表明Boc ODD1/2可能在整个细胞区行使功能。(5)构建了BocODD1/2超表达载体和RNAi干涉载体,利用农杆菌介导法转化芥蓝,对Boc ODD1和Boc ODD2功能进行鉴定。结果表明,在超表达Boc ODD1/2植株中PRO/NAP的比值和PRO含量提高,而在RNAi植株中,PRO/NAP的比值和PRO含量降低,表明Boc ODD1和Boc ODD2产物同时催化3-丁烯基硫苷向2-羟基-3-丁烯基硫苷转化,Boc ODD1和Boc ODD2作为同源基因具有相同的基因功能。(6)从省种和桃山中花芥蓝基因组中克隆出BocODD1和BocODD2启动子序列,获得Boc ODD1启动子序列长度1581 bp,Boc ODD2启动子序列长度1403 bp。对两个品种中获得的Boc ODD1/2启动子片段进行比对和元件分析,结果表明两个品种中的两个启动子区域没有碱基差异,Boc ODD1和Boc ODD2启动子序列都存在MYB结合位点。构建双荧光素酶报告系统载体转染烟草,检测荧光素酶活性,结果表明,MYB28共转Boc ODD1启动子中烟草荧光素酶活性为对照的1.9倍,MYB28共转Boc ODD2启动子中烟草荧光素酶活性为对照的3.3倍,说明MYB28能激活BocODD1/2基因启动子活性。
其他文献
蛹虫草是一种著名的食药两用真菌,含有多种对人体有益的生物活性成分,已成为科学家们研究的热点。近年来研究发现蛹虫草含有亲水性更强的新型类胡萝卜素,具有广阔的应用领域和市场前景,但由于其含量低,并不能满足日益增长的市场需求,究其原因是功能基因和生物合成途径未知,严重限制了蛹虫草的推广应用。因此,从分子层面挖掘色素合成相关基因、鉴定基因功能、解析生物合成途径,在此研究基础上有目的地改造蛹虫草菌株,培育高
禽痘是一种严重危害禽鸟的病毒性疾病。禽痘病毒自然感染约278种禽鸟,主要侵害鸡、鸽子和火鸡,引起部分濒危珍禽的生存危机。根据典型临床症状,禽痘可以分为皮肤型、黏膜型和混合型,其中黏膜型和混合型致死率高于皮肤型。国际上对水禽痘报道比较罕见,与水禽痘病毒相关的研究几乎空白。近年来广西麻鸭痘有零星报道,本研究结合临床实际开展了麻鸭源禽痘病毒的诊断、分离鉴定、全基因组测序和一系列动物试验。2016年广西邕
鸡马立克氏病(Marek’s disease,MD)是由马立克氏病病毒(Marek’s disease virus,MDV)引起鸡恶性T淋巴细胞肿瘤病。MDV可诱导宿主发生肿瘤并引发严重的免疫抑制,可导致鸡群发生肿瘤或因病毒的混合感染而大批死亡。MD从1907年被发现至今,长期困扰着全球养禽业并且带来巨大的经济损失。疫苗免疫是目前最主要的防控MD的措施,但随着免疫压力及病毒基因组的进化,MDV的毒
随着世界人口增长,粮食需求量日益增大。面对严峻的粮食安全形势,加速智能农机装备研究,实现农业精细化、可持续化发展势在必行。水稻是中国最主要的粮食作物之一,约占中国谷物种植总面积的30%、粮食总产量的40%和农户总数的60%。水田硬地层深浅不一,崎岖不平,常有坑洼沟壑,作业环境复杂,为水田农业机械智能化、精细化作业的实现带来挑战。其主要难点之一便是如何在复杂的水田作业环境中实现农业机械姿态的实时精确
蜕膜化对于哺乳动物成功妊娠的建立是必不可少的。在妊娠过程中蜕膜化受损可导致胚胎着床失败、流产等不良后果。脂肪酸去饱和酶3(fatty acid desaturase3,Fads3)属于脂肪酸去饱和酶家族成员之一,而脂肪酸去饱和酶是合成高度不饱和脂肪酸(HUFA)的关键酶。因为Fads3与Fads1和Fads2有着非常高的基因同源性,所以Fads3可能对于HUFA的生物合成也非常重要。然而,Fads
学位
狂犬病是由狂犬病病毒(RABV)引起的一种烈性接触性人兽共患传染病,目前尚无特效治疗药物,一旦发病几乎100%死亡。虽然目前部分国家和地区已经消除了人间狂犬病,但是每年依然有至少59000人死于该病。RABV为不分节段单股负链RNA病毒,基因组含有编码5个结构蛋白的基因,其中糖蛋白(G)是决定RABV致病性和免疫原性的主要蛋白,对其氨基酸进行修饰可致RABV的致病性及其免疫原性发生改变,为研究RA
头孢喹肟是动物专用第四代头孢菌素类抗生素,对β-内酰胺酶稳定,抗菌谱广,对多种革兰氏阳性、阴性细菌有较强的抗菌作用。根据欧盟药典,头孢喹肟兽医临床给药方案包括:治疗急性奶牛乳房炎,推荐一天一次肌肉注射1 mg/kg头孢喹肟,并连续用药两天;或治疗由敏感乳房链球菌、无乳链球菌、金黄色葡萄球菌、及大肠杆菌引起的泌乳期奶牛乳房炎,推荐每12 h在挤奶后直接乳房灌注75 mg头孢喹肟,并连续给药三次。本文
铵态氮(NH4+)和硝态氮(NO3-)是植物吸收和利用的主要无机氮源,对作物生长发育、产量与品质形成具有重要影响。对于多数作物而言,铵硝混合营养比单一氮源(NH4+或NO3-)更有利于作物生长和氮素吸收,并提高氮素利用效率。研究表明,在铵硝混合营养中,NH4+可能参与调控作物氮素吸收和硝酸盐积累过程,而NH4+的吸收和转运主要通过铵转运蛋白(Ammonium transporter,AMT)来完成
《白纻舞》起源于吴国吴地,因其白色苎麻所制表演舞服而得名。自被传入宫廷后深受皇室贵族的喜爱,从三国直至隋唐数百年间兴盛不衰。本文以《白纻舞》为研究对象,探究其不同因素造成的不同时期的变化及审美特征。