随着国内外内控失效案例频频曝光，企业自身和政府开始意识到提高内控有效性的重要性。企业着手根据控制权配置的特点因地制宜地建设适合本企业的内部控制机制，以提升企业的管理水平和经济效益；政府出台了一系列方针政策以确保内部控制体系建设落到实处、取得实效。通过整理国内外文献，我们发现国内大部分研究很少直接从内控有效性的角度对上市公司控制权配置模式及影响因素进行实证研究；国外的研究则是在其特殊的法律环境下探讨控制权配置及内控有效性。因此，从内控有效性角度实证研究控制权配置模式及影响因素，为制造业上市公司配置控制权以及选择最优配置模式提供建议，对拓展我国现有的研究领域有一定的理论价值和现实意义。　　文章结合前人研究成果，将马克思的产权理论、委托代理理论、公司治理理论、不完全契约理论有机结合起来，分别阐述内控有效性以及控制权配置的相关定义，在此基础上构建出控制权配置和内控有效性两者间的理论联系，并从股东层、董事会层、经理层分析其与内控有效性的关系。首先，选取沪深两市A股制造业上市公司为研究样本。然后，以迪博公司公布的内部控制指数作为因变量，第一大股东持股比例、第一大股东性质、董事会人数、独立董事比例、股东单位兼职的董事人数比例、经理层任职的董事人数比例、总经理是否董事会成员、总经理是否在股东单位兼职作为自变量，在此基础上建立模型来进行多元回归分析，实证研究控制权配置各要素与内控有效性之间的关系。最后，结合实证结果用现实情况为制造业上市公司选择最能发挥内控有效性的控制权配置模式提供建议。　　研究发现：（1）第一大股东的持股比例与内控有效性正相关。（2）董事会规模与内控有效性负相关。（3）独立董事比例与内控有效性正相关。（4）受董事会影响的总经理对内控有效性具有正向作用。（5）在30种控制权配置模式中，第三类相对制衡的控制权配置模式内部控制较为有效，其中模式26到模式30要优于模式21到模式25，模式27是制造业上市公司最优的选择。基于此，本文从内控有效性角度，在合理配置公司股东层、董事会层、经理层的控制权以及选择最优控制权配置模式这个两个方面为制造业上市公司提供建议。