嘉靖中,明王朝所面临的危机日深,突出表现为严峻的北疆形势。与达延汗昙花一现的崛起不同,俺答汗长期稳定且强有力统治,于明为患更深、更峻。明王朝既无国力出塞征伐,亦不灵活笼络其通贡,此时期俺答汗遂成明王朝心腹之患,边疆各族人民亦深受战争之害。俺答汗据土默特之地,庭直两镇（宣府、大同）三关（雁门、宁武、偏头）,故而是时宣大线的战略防御地位尤为重要。自幼生长在边地蔚州卫,祖籍又属山西的尹耕,少有才名,十八岁即登科三甲进士,自负边才却不得展其志,深恨国家边防之废弛,军事力量之衰败,遂于谪居家乡六载期间,以利于国家戎政,利于个人展志的经世目的,考察两镇三关地理形胜,遍览古今历史典籍,通古博今,并在宣大总督翁万达的私人支持下,将其才思和志向托于笔墨,写成通纪类边关志书《两镇三关通志》。此志为北边两镇、三关重地之经略提供了翔实可靠的历史文献借鉴。其内容涉及两镇三关历代经略纪事、内外边墙防护、山川关口界限、人丁土田数量、甲胄刍粮储蓄、战守防堵纪律、忠义之士垂彰、名宦人物昭鉴、历代官职沿革、科举贡选人物、教化风俗变迁、天文雨雹灾害,自陶唐迄至明嘉靖二十八年,故实且备。尹耕力行方志为史的修志思想,在修撰中力法司马迁纪传体,严格采用朱子纲目体纪事,在明代总数高达2405种的方志中独树一帜,堪称“志乃史体”的先驱。该志史源属信史类,对研究明嘉靖前中期的宣大边政、明蒙关系、以及两镇三关的历史地理变迁具有重要的价值,是《三云筹俎考》、《殊域周咨录》、嘉靖《宣府镇志》重要的史源。