靶向RXRα-CBS抑制剂的虚拟筛选、设计合成及活性评价和靶向新冠病毒主蛋白酶抑制剂的虚拟筛选

来源 :厦门大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:funwoods
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
RXRα作为核受体家族的一员,以同源二聚体或异源二聚体的形式发挥基因型或非基因型功能,参与了细胞生存、凋亡和炎症等生理过程。RXRα功能和水平的异常与代谢性疾病、神经退行性疾病和癌症等疾病的发生发展密切相关,因此成为了药物开发的重要靶点。目前,RXRα的配体结合位点包括经典的配体结合口袋(LBP)、四聚体的配体结合位点和共激活因子结合位点(CBS)。其中,靶向RXRα-LBP的药物存在毒副作用如高脂血症,甲状腺功能减退症等,所以靶向非LBP位点成为了核受体药物研发的新策略。我们课题组前期报道了靶向RXRα四聚体的配体结合位点的舒林酸衍生物K80003以及靶向RXRα-CBS的8533系列化合物,均具有良好的药理作用。基于此,本论文通过“拟肽设计”和计算机虚拟筛选方法继续开发与优化特异性靶向RXRα-CBS的新型配体,为靶向RXRα的抗肿瘤药物开发提供新思路。首先,我们基于RXRα和coactivator相互作用的结构特征,利用“拟肽设计”构建了两个骨架共9个化合物,经过分子对接评估后进行化学合成,通过报告基因等实验发现了化合物XS987能够抑制RXRα的转录活性并有效抑制HeLa细胞的有丝分裂;细胞流式实验表明:XS987具有良好的细胞周期阻滞效果,且通过荧光淬灭实验得到其与RXRα结合的KD值为4.538μM。我们也针对该骨架进行了设计与衍生化,得到了 11个XS987衍生物,并通过报告基因等实验测试其生物活性,进行了初步的构效关系总结,最后发现了活性较好的先导化合物XS1011。为了继续寻找可能靶向RXRα-CBS的新骨架苗头化合物,我们还以8533作为参考化合物,利用分子对接的方法,对大型商业化化合物库Chembrige(含11万个化合物)进行计算机虚拟筛选。我们通过Maestro 11.9软件进行SP、XP、RMSD和MMGBSA逐级计算和筛选,并结合Canvas 3.9的聚类分析功能,根据化合物的结合姿势和结合能,最终筛选得到了 26个潜在的靶向RXRα的共激活因子结合位点抑制剂(CBIs)。ADMET预测表明:它们均具有很好的成药性;目前,该系列化合物正在进行生物学活性测试中。为了降低新冠疫情对科研工作的影响,本论文还结合个人实际及国家重大民生需求,在疫情期间在家再次运用计算机虚拟筛选技术,基于Chembrige数据库,理论预测靶向SARS-CoV-2-Mpro的新颖抑制剂,为治疗COVID-2019的药物开发服务。大量研究表明:冠状病毒SARS-CoV-2的Mpro是病毒复制过程中的关键水解酶,并且在人体内没有类似的蛋白酶,因此,开发靶向SARS-CoV-2-Mpro的特异性抑制剂是治疗SARS-CoV-2感染的有效方法。我们最后以SARS-CoV-2-Mpro的经典配体X77和3WL作为参考化合物,通过HTVS、SP和XP模式的分子对接,筛选得到了 15个结合较好的化合物,经过进一步的分子动力学模拟,基于RMSD、RMSF和MMGBSA计算结果,发现了潜在的靶向SARS-CoV-2的三个抑制剂为4、6和11。ADMET结果显示它们均具有良好的成药性;目前,该系列化合物正在进行生物学活性测试中。
其他文献
党的十九大报告明确了要完善促进消费的体制机制,需要发挥消费在经济发展中的活力,之后国务院召开的会议中也不断强调消费的作用。在2018年9月20日,国务院召开会议,提出了消费升级广义只指消费结构转型升级,并且强调我国必须提升消费升级水平。在疫情期间,习近平主持召开会议也重点提出消费扩容提质来应对因疫情影响的消费现状,2020年更是举办了“消费促进月”活动促进消费升级的发展。消费升级的势头越来越强劲,
学位
生死一直以来就是中国人关心的大事,延长寿命、保持健康更是民生之需,人心所向。“十三五”期间,我国人均预期寿命已升至77.3岁。随后,我国在“十四五”规划目标中提出,人均预期寿命要提高一年。生物医药业作为与之紧密相关的行业,其发展对完成政治规划目标,保持人口结构稳定有着较大的影响。2020年新冠肺炎疫情席卷全球,在全球疫情化的背景下,研发病毒疫苗,加快疫苗流通在国际政治交往和国内经济稳定方面起着重要
学位
海洋碳循环是全球碳循环的核心过程,对于整个地球生态系统具有重要意义,海洋生物泵是海洋吸收CO2的一个重要机制,海洋细菌是海洋碳循环的重要参与者,细菌生产和细菌呼吸是海洋食物网中物质循环和能量流动的重要途径,影响着生物泵吸收CO2的效率。台湾海峡作为典型的亚热带边缘海,受季风和复杂地形的影响,区域内物理过程复杂,水团众多,生态系统变化多样,是用来研究水团对细菌代谢调控机制的天然试验场。本论文基于现场
学位
本文首先阐述了 RCEP国家制度质量会通过经济促进效应、风险规避效应、成本阻碍效应、竞争挤出效应来影响中国对其的OFDI效率。其次本文进行了现状分析。在中国OFDI方面,2009-2020年中国对RCEP国家OFDI不论是流量还是存量都逐年增长,在该方面中国的全球位次也整体呈现上升趋势。在制度质量方面,澳大利亚和韩国的政治制度环境较好,柬埔寨的政治制度环境较差,除柬埔寨、老挝、缅甸和越南外的RCE
学位
2020年新冠病毒肺炎疫情的爆发,妨害传染病防治罪重新回到了人们的视野之中。自2003年“非典”之后,本罪名重新在司法实践中找到了“用武之地”,通过查阅中国裁判文书网,2020年涉及的妨害传染病防治罪的刑事判决书为63个。在新冠病毒肺炎疫情爆发之初,最高人民法院、最高人民检察院等四部门联合出台的《关于依法惩治妨害新型冠状病毒感染肺炎疫情防控违法犯罪的意见》(以下简称《意见》),明确了妨害传染病防治
学位
宅基地是我国农村土地的重要组成部分,是农民安身立命之基。但伴随着经济的发展,我国城市化率不断提高,很多农民为了追求更好的工作机会和更高的收入从农村涌入城市,这些人虽然离开了农村,但并不愿意放弃自己在农村的宅基地,这导致了大量闲置宅基地的出现。这些闲置宅基地的存在不但是对土地资源的一种浪费,也是对新农村建设发展的阻碍。2018-2022年,每年的中央1号文件都明确提出了要加强对农村宅基地的管理,稳慎
学位
受体相互作用蛋白家族(Receptor-interacting protein,RIP)是一类具有苏氨酸/丝氨酸激酶活性的蛋白,可以接受细胞表面受体传递的胞外刺激,参与模式识别受体的信号转导,在调节先天免疫、炎症反应和维持机体稳态方面起着重要的作用。已报道的RIP家族一共包含7个成员,RIP1、RIP2和RIP3是最先鉴定出的成员。本研究对大黄鱼RIP1、RIP2和RIP3基因进行了克隆与鉴定,探
学位
幸福一直是人们追求的最终目标,如何切实提高居民幸福感是政府和相关部门长久思考的问题,在学术界,探究主观幸福感的影响因素和提升途径也是近年来国内外学者密切关注的热门研究领域之一。与此同时,中国家庭自古以来对提升子女受教育程度的热情有增无减,但拥有高学历是否就一定意味着获得高的幸福感,低学历的居民又该通过何种渠道提升幸福感?因此,受教育程度与中国居民幸福感之间的关系是值得研究和探索的一个问题。本文以2
学位
三阴性乳腺癌(TNBC)以侵袭性强、复发快、预后差而闻名。免疫治疗,特别是嵌合抗原受体T(CAR-T)细胞治疗,作为治疗TNBC的新方法吸引了越来越多的关注。如何精确靶向识别特定的肿瘤抗原和设计有效的CAR-T是CAR-T治疗的众多挑战之一。首先,我们证明了表皮生长因子受体(EGFR)在TNBC中高表达,因此我们构建了第三代靶向EGFR的CAR(EGFRCAR),这个EGFR CAR包含一段IL2
学位
自中国加入WTO以来,出口贸易活动和加工生产活动成为了推动中国经济发展的重要因素且愈加频繁,在全球范围内也占据了很大的份额。同时,频繁的贸易活动不仅会消耗大量的能源和资源,产生大量的温室气体,而且会带动全球环境结构的变化,引发一系列气候问题。因此,为实现碳中和目标改善全球环境中国责无旁贷。欧盟①、美国、日本、韩国是与中国贸易来往密切的国家中具有代表性的发达经济体,而且它们在碳减排方面,尤其是对本国
学位