资本市场是国民经济的重要组成部分，而新三板市场，即全国中小企业股份转让系统（NEEQ），是我国多层次资本市场的基底。自2013年新三板市场扩容以来，我国多层次资本市场改变了头重脚轻的结构，逐步转变为正金字塔结构。任何资本市场的繁荣都离不开流通和交易，新三板市场也不例外，故其股票转让方式的选择具有重要意义。自2014年8月25日新三板市场正式实行做市交易制度以来，该市场的流动性得到显著改善。本文旨在通过对比新三板市场做市转让方式及协议交易方式下挂牌公司的流动性、价格稳定性，借鉴国内外成熟证券交易市场的交易制度，研究新三板市场交易制度中可以改进之处，以期为挂牌公司、做市商、监管层参与或监管新三板市场提供参考。本文通过对比数据得出：做市交易方式对于提高证券的流动性、稳定证券价格起了积极的作用，并有助于发现证券价格，起到价格发现的作用。