在中国东方蜜蜂（Apis cerana）分布范围内,除西藏外共采集了 156个样点,覆盖21个省、市、自治区,对中国境内的东方蜜蜂进行全面的遗传多样性分析,探讨中国东方蜜蜂遗传多样性水平和遗传多样性的地理分布格局。利用33个形态标记和36个微卫星标记,进行中国东方蜜蜂遗传分化研究。对分化的各类群东方蜜蜂形态特征、微卫星遗传结构和线粒体遗传结构进行分析。本论文研究结果可以为中国东方蜜蜂遗传资源保护和利用提供理论依据,为东方蜜蜂种群遗传学的发展做出贡献。（1）全面了解和掌握线粒体单倍型的数量、比例、分布是研究中国东方蜜蜂遗传多样性、遗传结构、系统发育和起源进化的基础。在前人发现4种单倍型的基础上,从7910群蜜蜂中各取一只样本检测,新发现317种线粒体tRNAleu～COⅡ片段的单倍型。中国东方蜜蜂线粒体tRNAleu～COⅡ片段检测到的高频率单倍型集中在少数几种单倍型上。最主要单倍型只有一种,占总数的44.62%,超过总数1%的单倍型有12种,只检测到一次的单倍型有98种。（2）明确了中国东方蜜蜂3个线粒体多样性评价指标和6个微卫星多样性评价指标的范围,为评价东方蜜蜂遗传多样性水平提供依据。单倍型多样度为0～0.9、平均核苷酸差异数为0～2.5、核苷酸多样度为0～0.006、观察杂合度为0.4560～0.2459、期望杂合度为0.2418～0.4850、平均有效等位基因数为1.4877～3.1786、多态信息含量为0.1994～0.4558之间、香农指数为0.3881～1.0983、基因丰富度为1.9414～4.7967。大部分中国东方蜜蜂样点,线粒体平均核苷酸差异数和核苷酸多样度处于中等水平,单倍型多样度、观察杂合度、期望杂合度、平均有效等位基因数、多态信息含量、香农指数、基因丰富度处于较高水平。中国东方蜜蜂遗传多样性水平与分布和种群大小有关。中国东方蜜蜂分布边缘和小种群遗传多样性水平较低。在分布区中心或种群较大的地区,遗传多样性水平较高。（3）本研究首次同时使用形态标记和分子标记对中国东方蜜蜂进行深入系统的遗传分化研究。利用形态标记的2种分析方法和微卫星标记的4种分析方法,综合判断中国东方蜜蜂已分化为12个类群。分别是长白类群、海南类群、台湾类群、南方类群、滇南类群、川滇类群、川贵类群、西北类群、北方类群、阿坝类群、巴塘类群、九龙类群。台湾类群、西北类群以及西南地区的川滇类群、川贵类群、巴塘类群和九龙类群等6个类群是首次发现。台湾类群与大陆的基因流阻断时间长,与其它类群遗传距离最远。西南地区由于雪山和高山草甸等无蜂区的隔离作用,在较小的范-围内,产生了许多遗传距离较大的类群。长白类群、阿坝类群、南方类群、北方类群与前人研究的地理分布范围存在差异。长白类群由于分布范围缩小,只局限于吉林和辽宁境内的长白山脉。对阿坝类群、南方类群、北方类群划分更精准,比前人的范围小。海南类群、滇南类群与前人研究结果一致。