本研究从阿拉尔16团和沙湾144团连作10年以上且棉花黄萎病发病严重的棉田区采集24份棉花根际土,采用稀释平板法和平板对峙法对土样进行分离、筛选棉花黄萎病的拮抗菌,并通过PCR扩增该拮抗菌NJZ12-2的ITS基因序列,在NCBI中进行同源性比较,用MEGA 5.0构建系统发育树并结合形态学特征及生理生化指标,确定拮抗菌株的分类地位。主要取得结果如下:(1)从棉花根际土中分离获得397个菌株,其中细菌、真菌、放线菌的数量分别是176株、151株、52株,分别占总分离菌株的46.4%、39.8%、13.7%。结果表明:棉花根际土壤微生物中,细菌的数量最多,而真菌、放线菌相对较少。(2)采用平板对峙法筛选获得15株对棉花黄萎病菌有拮抗作用的菌株,其中,抑菌圈直径≥10mm有6株。拮抗作用最明显的是菌株NJZ12-2,抑菌圈直径为20.3 mm。从棉花不同发育期筛选获得微生物及拮抗菌数量分析表明:棉花根系土中的微生物种类及数量会随着棉花发育阶段的不同而发生改变。在棉花苗期时根际土中的微生物及拮抗菌数量最多。(3)菌株NJZ12-2对棉花黄萎病菌菌丝生长的影响试验表明:拮抗菌NJZ12-2对棉花黄萎病菌丝生长抑菌率为58.67%。(4)对筛选获得的拮抗作用最强的菌株NJZ12-2进行鉴定。利用形态学观察、生理生化指标测定及r DNA-ITS序列分析相结合的方式,最终鉴定菌株NJZ12-2为Acremonium sp。(5)对菌株NJZ12-2进行室内盆栽防效试验表明:菌株NJZ12-2可以推迟棉花黄萎病的发病时间,降低发病率,由SPSS数据分析表明菌株NJZ12-2的发酵液对棉花黄萎病的相对防效为52.41%-54.81%左右。本研究表明菌株NJZ12-2对棉花黄萎病具有潜在的生防价值。