本实验利用RAPD技术对广泛栽培的番茄品种和四川农业大学保存的番茄种质资源（共20个品种材料）进行遗传多样分析，特别对四川农业大学保存的种质资源的遗传亲源关系和遗传多样性进行分析，结果表明： DNA提取方面，我们用G方法（0.8g材料+2ml提取液+0.2gPVP）提取的DNA质量比较高，OD₂₆₀／OD₂₈₀的比值在1.8-2.0之间，完全符合RAPD的要求。本实验建立的番茄RAPD反应体系和扩增程序比较合理。 从40个10bpRAPD随机引物中筛选出5个，用这5个引物对20个番茄的DNA样品进行扩增，5个引物共扩增出30条，其中多态性位点23个，占总位点的76.7％，平均每个引物扩增出4.6条具有多态性谱带。 利用计算机软件NTSYSpc（2.10版）统计RAPD数据，用Genetic Distance法计算材料间遗传距离。19号（美国番茄）与10号（早红宝）的遗传距离最小为0，说明两者的遗传基础基本一致。而4号（美味樱桃番茄）与13号（W262-4）的遗传距离最大，为0.805，按照UPGMA法进行聚类分析，将番茄分成四类，番茄属的20份材料分成了四类。第Ⅰ类—1号（L—402）、2号（今科红玫）、7号（加州大红4号）、8号（改良美国903）、11号（宝大903）、14号（川杂-10）、15号（Oh-2-2-6）、16号（Oh-2-2-10）、17号（黄化黄叶番茄）、19号（美国番茄）、20号（金刚号大番茄）：第Ⅱ类—3号（大红合作903）、6号（加州大红1号）、9号（宝岛巨星）、10号（早红宝）、12号（W262）、18号（黄圣果）；第Ⅲ类—13号（W262-4）；第Ⅳ类—4号（美味樱桃番茄）、5号（中杂9号）。同时，将四大类番茄类内和类间平均相似系数进行了分析，类内以第Ⅲ类最高，因为它只有一个品种，第Ⅱ类的次之（0.8813），第Ⅳ类的最低（0.777）；类间则以第Ⅰ类与第Ⅱ类间的最高（0.7456），第Ⅲ类与第Ⅳ类间最低（0.45）。 根据烟草中的抗TMV的N基因，设计的A1／A2，B1／B2两对引物，并对10个番茄DNA进行扩增，抗病材料扩增出2000bp（A1／A2）、800bp（A1／A2）、2000bp（B1／B2）三类的DNA片段，以其作为三个候选抗性基因的探针，为以后从cDNA文库中筛选出抗病基因作下基础。