提高自主创新能力是转变我国经济发展方式,促进经济社会协调发展的根本途径。但是由于信息的不确定、不对称与垄断的存在、自主创新成果的准公共物品性质,以及创新的正外部性等原因都使得市场的力量无法充分发挥。为此,政府力量的介入就显得极为必要。本文通过分析我国激励自主创新的税收政策,对其实施效果进行多角度、多层次的评价,回答在我国自主创新体系中,税收政策是否应该介入、介入的效果如何和今后该如何介入等问题。本文尝试在自主创新理论、税收优惠理论与公共政策评估的框架下,将宏观经济分析与微观主体分析相结合,并从政策供给角度和需求角度对政策激励效果进行评价。运用多种方法研究税收政策对自主创新的影响,包括理论分析、统计分析、计量分析和调查分析等。以理论分析的方式回答了税收政策能够促进自主创新能力的提高。本文通过税收政策影响创新收益、创新成本、创新风险和创新人才的角度分析税收政策有利于自主创新投入和自主创新产出的提高,进而建立理论分析框架。以计量分析方式回答了税收政策对自主创新的激励效果。在采集1990-2010年数据的基础上,通过建立回归模型,研究了税收政策对研发投入的激励效果和税收政策对专利产出的激励效果。在研发投入方面,税收政策当年对其作用不显著,然而在滞后1年和2年后,税收政策对研发投入有正向促进作用,但是作用较弱。在专利产出方面,税收政策对我国专利产出有显著的正向激励效果,并且激励效果大于对研发投入的激励效果。从实际调查的角度回答了不同税收政策实施效果之间的差异性。通过设计调查问卷,从需求主体企业的角度对激励自主创新税收政策的实施效果进行了评价,分析不同类型税收政策之间存在的差异性,以及税收政策在企业的盈利能力、企业规模、企业发展阶段之间实施效果的差异性。最后,在前面理论分析、实证分析、实际调查的基础上,本文提出了我国激励自主创新税收政策的优化路径。第一,要明确我国促进自主创新的税收政策优惠对象,加强对能力型企业、中小型企业和创新人才方面的税收激励,实现我国税收政策由优惠型向激励型转变。第二,整合现有促进自主创新的税收政策,加强税收政策与其他自主创新政策工具的协调配合、直接税收政策与间接税收政策的协调配合,实现政策的协调性与一致性。第三,突出自主创新税收政策作用的重点环节,加强研发、科技成果转化和促进风险投资对自主创新投入的税收优惠,着力增强自主创新政策实效。