长江上游的航运开发,是国家“一带一路”的战略需求,也是川渝建成西南地区综合交通枢纽、长江上游航运中心的重要支撑。因长江上游涪陵至丰都江段存在汛期礁石碍航,导致部分滩段海损事故频发,长江水运“十三五”规划将该江段的航道整治列入重点工程。但该江段同时也是我国珍稀、特有鱼类和四大家鱼种质资源的重要分布区域,江中礁石和岸边石梁等碍航特征一方面影响航运发展,但也营造了长江上游特有的礁石-深沱型栖息地类型,航道整治和鱼类栖息地保护的矛盾成为了制约长江上游水运发展的重要因素。因此,明确工程江段的鱼类分布特征和典型生境特性,是当前兼顾航运开发与鱼类生境保护的重要保障。为加强航道整治过程中的鱼类资源保护,同时为长江上游的鱼类资源可持续利用等提供基础资料。分别于2019年5月、8月和12月采用了水声学的方法对长江上游涪陵至丰都江段进行的鱼类分布进行了调查,统计和鉴定了鱼类资源的组成,总结了鱼类的分布特性,分析了鱼类栖息条件和礁石-深沱栖息地的相关因子特征,并建立二维水动力学模型,模拟在消落期和蓄水期两种典型流量和水位下的鱼类栖息地的适宜度分布,主要研究成果如下:（1）通过对研究江段2019年3个时期的水声学实地监测,得到研究江段的鱼类分布特征,5月发现鱼类聚集区13处,平均密度为40.89 ind./km~3,平均TS为-49.38 d B;8月发现鱼类聚集区6处,平均密度为56.93 ind./km~3,平均TS为-47.71d B;12月发现鱼群聚集区15处,平均密度为62.95 ind./km~3,平均TS为-48.13 d B。统计单体鱼类目标所处位置的水深,得90%的鱼类栖息于水下20m至底层,主要集中于中下层或者最下层。（2）分析了研究江段鱼类栖息地的相关因子的显著性和相关性,选择了水深、流速、弗劳德数、宽深比、过水面积、湿周、水力半径和水质共8个特征因子用来描述鱼类栖息地。分析得出流速和水深是研究江段鱼类栖息地的主要影响因子,弗劳德数、过水面积、湿周和水力半径为次要影响因子,宽深比为弱影响因子,水质为无影响因子,鱼群密度和流速显著负相关,与水深呈显著正相关,而弗劳德数、过水断面面积、湿周和水力半径在不同时期存在一定相关性。（3）通过实测数据建立MIKE21模型,模拟了研究江段在不同流量和水位特征下的水动力分布,并建立了物理栖息地数学模型,结合前期水声学调查结果,得到水深和流速的适宜度曲线。通过耦合鱼类的栖息地适宜度指数,得出研究江段在不同平均流量下的鱼类栖息地适宜面积的空间分布,发现鱼类群落整体上以礁石后深沱江段和分汊区域为高适宜区,是研究江段鱼类的重要栖息场所。