网格计算是21世纪新兴的网络计算方式,生物信息学的主要任务是以计算机为工具对生物信息进行存储、检索和分析【InfoBio】,北京大学生物信息中心开发了称作WebLab的生物信息学网络计算平台。为了利用网格来进行生物信息学计算,WebLab网格计算运行环境便诞生了。WebLab中的BLAST软件具有并发性强、使用频繁和少数计算作业计算量大等特点。在有些情况下,用户在使用系统时会发现有些作业的计算时间长到难以忍受的程度;本文希望使用比较合理的作业调度算法和资源分配方式来提高系统的性能,改善上述现象。网格调度【Grid Sc】实际上涉及到了作业调度的算法设计、资源表示和资源分配等问题。制定合理的调度策略,需要对生物信息学计算和BLAST软件进行分析,结合网格计算的具体特点,才能达到工作的具体目标:尽量合理利用计算资源,提高系统吞吐率。关键问题是如何合理使用网格计算资源以避免超时现象的发生。相对有效的时间预测方式为合理的资源分配提供了帮助,并且通过对PBS以及GridWay的介绍可以得出:合理的作业调度策略是可以达到的,仅仅是制定一些作业限时策略就可以办到。为了解决该问题,本文首先分析生物信息学计算中BLAST软件的特点,提出了满足其需求的网格计算作业运行环境,然后介绍和分析了调度服务所使用的其它服务,最后通过对调度服务的设计,实现了如下的解决方案:监控作业的执行状态,及时发现拥有不适当计算资源的计算作业,然后将这种作业重新调度到合适的计算资源上计算,初步地解决了资源的占有不合理问题;为了减少这种情况的发生,在作业进行资源分配时,尽可能采用合理的策略分配计算资源。根据该调度方案,遵循网格的WSRF协议,在GT4的基础上开发了一个网格调度服务,并在一台多核PC和IA集群上对该服务进行性能测试与分析,可以得出如下结论:在网格环境下,使用本文的作业调度策略能够合理利用计算资源,减少计算作业的超时现象。