生活在由传统向现代过渡的大多数近代中国知识分子,难免受古今中西各种思想资源的影响与制约,在近代中国学界和政界中位置相对边缘的余家菊亦不例外。他生在儒家礼法之家,早年受儒家理学家庭氛围的影响,对儒家思想情有独钟,无论在文化倾向还是政治态度,儒家思想自始至终影响和决定了他的一生。新文化运动爆发之后,家菊开始加入社团活动,积极参与恽代英发起的互助社和仁社及少年中国学会；并与代英等筹建进德会,热情支持武昌爱国学生进步刊物《新声》半月刊。在响应和传播新文化运动之际,家菊开始萌生教育救国的理念,对中国教育颇为关注,尤其是当时频临破产的乡村教育。在政治层面,家菊受儒家思想的影响,力主“有秩序的行动”,反对五四运动中学生激进的行为,他实属于五四新文化运动中的温和派。为了直接了解“德先生”和“赛先生”的真相,他负笈英伦,以心理学为专业,多学西方实验科学,并以西方教育制度为蓝本批评中国当时的教育制度。在政治思想上,他受英国现代自由主义思想的影响,同时感于第一次世界大战后欧洲各国民族主义情绪的高涨,又接受了德国费希特等人的国家主义思想,主张用教育和文化来培养和增强中国人的国家观念。留学归国之后,时值北伐战争前后,家菊以儒家本有的德化主义和西方的国家主义与自由主义为理据,同以恽代英为代表的中共人士进行论战,对马克思主义的理论基础：唯物主义、阶级斗争学说、国际主义等各方面展开全面批评。又以国家主义和自由主义批判当时国民党的三民主义。同时,他与同样服膺国家主义的青年党友曾琦等人在思想方面也有一定的歧异,这显然归因于其儒家本色和在英国接受的现代自由主义。抗战期间,家菊在参政议政之余,潜心于传统中国文化研究。他认为,要使国民爱国,必须本国先民的成就有其可爱之处；要发扬国民精神,当从中国固有的精神中去寻找思想资源。他以为,中国文化的骨髓只有到孔门儒家思想言行中去探寻。家菊认为,“仁”为儒家思想的核心,不过,他对“仁”的阐释,与近代学界各家有所不同,他主要是从“意志”入手,目的显然在于鼓励国民抗战的信心；他指出：尽性、博文、约礼为实现仁的途径,中庸则为仁者的理想境界。出于对人心世风的长远考虑,他反对中国传统的法家和道家,更不满近代的新法家和抗战期间的战国策等学派。此外,他从佛教的修身功能上逐渐开始对宗教的态度有所转变。徐蚌会战前后,家菊感到中国即将面临明末清初顾炎武所说的“亡天下”的局面。基于此,他对给近代中国造成各种“时代病”的西方文化进行全盘检讨。他认为,西方文化中的“自我伸张”、“权利第一”、“现实主义”、“主智主义”、“良心命令”各种倾向结合在一起,导致国民坠入自私、涣散、斗争的道义沦丧、率兽食人的境地。在批评西方文化的同时,他却对西方宗教的态度大变,几乎全盘肯定宗教的社会价值,尤其重视天主教的功能。此外,他对中国传统社会的合理性进行了充分挖掘。他的目的是要将中国传统儒家文化的价值理念和近代西方文化的工具理性结合在一起,走一条中西互补的中华文化复兴之路。国民党政权在大陆崩溃之后,家菊追随蒋政权至台湾,进入了他心目中的“艰难年代”。在“反共复国”的艰难时代,家菊除偶尔参加过几次重大的政治活动之外,闭门不出,主要用心于中国文化的要义的阐释和总结,为未来新中国建言。他认为,未来中国在政治方面,主要是通过民主政治建立现代国家。他的现代国家观念,既有传统儒家文化国家的固有思路,又有与现代自由主义紧密相关的国家主义因素。他对于民主政治的看法,强调民主与自由、平等与法制的结合,同时又重视传统与秩序的规范作用。由于以国家为中心,这使他的自由主义带有一定的保守主义色彩。在文化方面,他对于近代中国以革命与斗争的社会风气大肆批判,本着儒家政教(学)一体的思路,他认为近代中国社会风气的堕落与阳明学说、今文经学派及西方的进化论的影响有必然的联系。总而言之,文化与政治是余家菊一生思想历程中的两大主要关怀。他在文化上昌明儒学的努力,与政治追求上的国家主义和自由主义的愿望,归根结底是为了建立一个现代中国。就事实来看,在其有生之年,他的各种梦想与愿望样样落空。然家菊却未以败者自居,因在他看来,一名真正的儒家,其苦心孤诣之所在是“不忧道之不行,而忧道之不传”。