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香猪是我国稀有的优良地方微型猪种,与其它猪品种相比,香猪具有生长缓慢、体型矮小等特点,但香猪的生长慢的调控机制不完全清楚。本文利用Il umina Porcine SNP60(60K)猪全基因组SNP芯片,进行全基因组关联分析(GWAS),并结合等位基因特异性PCR检测方法,从基因整体水平分析从江香猪的遗传多态性,得到以下结论:1.应用Il umina Porcine SNP 60芯片对120份香猪和可乐猪基因组的SNP进行检测,经过严格的质量控制,结合体长性状进行GWAS分析,得到13个与生长关联的SNP,挑选其中6个SNP位点ALGA0105966、ALGA0059836、ASGA0106099、ASGA0016323、MARC0036889和ASGA0084095以同样的样本用AS-PCR方法检测的结果与芯片检测结果的相符率为100%。2.对香猪、黔北黑猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪和大白猪6个中外猪品种6个SNP位点进行基因分型。从6个猪品种的PODXL基因中检测到ALGA0105966位点的基因频率存在多态性变化,香猪、柯乐猪和荣昌猪中以AA纯合型为优势基因型,A等位基因的频率明显高于G(P<0.01);黔北黑猪、糯谷猪、大白猪以杂合的AG为优势基因型,A与G等位基因频率间的差异不明显(P>0.05)。关联分析显示该点的基因型与大型香猪的8个体尺指标均呈弱的负相关,与12月龄香猪体高呈弱的负相关,与24月龄香猪体长和腹围呈弱的负相关。ALGA0059836位点位于基因间隔区,其基因频率存在多态性变化,在6个猪品种中主要以CC纯合型为优势基因型,C等位基因的频率明显高于T(P<0.01);同时关联分析发现该点的基因型与大型香猪体高、体长、体宽、胸围和管围存在弱的正相关关系,与12月龄香猪体宽、体重、胸围和腹围呈弱的负相关,与18月龄香猪体宽、体重和管围呈弱的负相关。ASGA0106099位点位于基因间隔区,其基因频率存在多态性变化,香猪、糯谷猪和荣昌猪以GG纯合型为优势基因型,G等位基因的频率明显高于A(P<0.01);柯乐猪、黔北黑猪、大白猪以杂合的AG为优势基因型,A与G等位基因频率间的差异不明显(P>0.05);关联分析显示该点的基因型与大型香猪的体重呈弱的正相关,与18月龄香猪体宽呈弱的正相关。MARC0036889位点位于基因间隔区,其基因频率存在多态性变化,香猪、柯乐猪和荣昌猪以杂合AG为优势基因型,A与G等位基因频率间的差异不明显(P>0.05);糯谷猪、黔北黑猪和大白猪以GG纯合为主要基因型,G等位基因的频率明显高于A(P<0.01);关联分析结果该点的基因型与体尺指标不存在相关性。ASGA0016323位点位于基因间隔区,其基因频率存在多态性变化,在6个猪品种中主要以CC纯合型为优势基因型,其中18月龄、24月龄香猪和其它5个猪品种中C等位基因的频率明显高于T(P<0.01);关联分析结没有相关性。从6个猪品种的FAT3基因中检测到ASGA0084095位点,香猪和其它5个猪品种中均以杂合AG为优势基因型,A与G等位基因频率间的差异不显著(P>0.05)。3.经生物信息学方法分析,在ASGA0106099位点上游18000bp处预测到一个ssc-miR-4331前体和成熟区序列特征,经RT-qPCR检测,证实香猪的肌肉组织中存在ssc-miR-4331转录本,但不是源自ASGA0106099位点上游。对这些SNP位点的功能进行深入的研究,将有助于保护和科学利用贵州地方猪品种资源。