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本研究通过纯培养技术对来自中国新疆维吾尔自治区伊犁哈萨克自治州的四个地区：特克斯县,昭苏县,巩留县和伊宁县牧民家庭的86份乳制品样品(82份发酵牛乳,3份发酵马乳,1份发酵驼乳)的乳酸菌进行分离,通过形态学和分子生物学相结合的方法进行鉴定,并对来自特克斯县和昭苏县的16份酸奶样品利用PCR-DGGE技术进行了生物多样性研究,得到以下结论：86份发酵乳样品共分离得到8个属,27个种或亚种的706株乳酸菌：21株E.durans,2株E. faecalis,16株E. faecium,5株E.italicus,3株L.brevis,2株L.coryniformis subsp. torquens,141株Ldelbrueckii subsp. bulgaricus,123株L.fermentum,4株L. graminis,108株L. helveticus,7株L. kefiranofaciens subsp. kefiranofaciens,12株L. kefiri,12株L. paracasei,21株L. plantarum,6株L. sakei,7株L. garvieae,3株Lac. lactis subsp. cremoris,31株Lac. lactis subsp. lactis,3株Leu. citreum,66株Leu. lactis,55株Leu.mesenteroides,10株Leu. pseudomesenteroides,4株P. pentosaceus,41株St. thermophilus,一株V. carniphilus,1株W. cibaria和1株W. confuse。新疆伊犁州地区的优势菌属为：L. delbrueckii subsp. bulgaricus,占分离菌株的19.97%;L. fermentum,占分离菌株的17.42%；L. helveticus,占分离菌株的15.30%；三者共占分离菌株的52.7%。16份酸奶样品中经传统分离鉴定法检测出乳酸菌的5个属9个种：E. faecium, E. italicus, L. delbrueckii sp. bulgaricus, L. fermentum, L. helveticus, L. plantarum, Lac. lactis sp. lactis, Leu. lactis和St. thermophilus,经PCR-DGGE技术鉴定的结果为：16份样品中含乳酸菌的4个属9个种：L. helveticus, L. delbrueckii subsip.bulgaricus, E. faecium, E. ludwigii, Enterococcus. sp., L. plantarum, Lac. lactis subsp. lactis和Str. thermophilus,其中E. ludwigii和Enterococcus. sp是传统分离鉴定没有分离得到的菌株。传统分离鉴定法和PCR-DGGE技术显示16份酸奶样品中的优势菌群为L. helveticus,且种群具有地区差异性。