近年来,稻虾模式（稻虾综合种养）在长江中下游平原地区得到迅猛发展。完善稻田养分管理对于调节养殖环境及提高肥料利用率具有重要意义。本研究基于前期调研,一方面以田块为尺度,通过设置不同施肥模式,探究不同施肥模式下稻虾系统水质特征与氮磷平衡;另一方面,在春夏养殖季,以有机肥作为底肥,投入不同微生物菌剂,探究其对水质的调节作用。结果显示:（1）稻虾共作模式下,设置3种施肥方式:施用有机肥（T1）,施用控释肥（T2）,施用腐殖酸肥（T3）,3种施肥模式水稻产量为6937～8062 kg·hm-2,其中T2的水稻产量最高,共作期小龙虾产量T3最高。从经济效益看,T3最好,为46 098.5元·hm-2,比T1高19.7%。从养分看,氮和磷平衡最佳的分别是T1和T3。综上,肥料的施用对稻虾模式小龙虾及水稻产量至关重要。从“藏粮于地”的角度要优选控释肥,在保证水稻产量的前提下增加农户收益;养殖季分次施用微生物菌剂+共作期施用腐殖酸肥能够提高虾的产量。（2）水质方面,在春季小龙虾养殖期适量施用有机无机复混菌肥和有机肥水质满足小龙虾生长要求,主要水质指标值为:氨氮0.053～0.22 mg·L-1、亚硝态氮0.004～0.022 mg·L-1、水体透明度20～35 cm、p H值7.8左右。两种施肥措施水体浮游生物量均显著高于不施肥池,以施用有机无机复混菌肥为佳。在稻作期,返青分蘖期大量田间撒施肥料会影响田面水和虾沟水的水质,导致小龙虾进入稻田活动的时间延迟15 d以上。因此,为了增加小龙虾在田间与水稻共生的时间,我们建议在水稻插秧或直播前将肥料施入土壤。（3）稻虾共作模式下,在养殖期以有机肥为底肥,配施光合细菌可有效改善水质,降低投苗应激反应;在养殖中后期可显著降低水体氨氮与亚硝态氮浓度。另外,相比较单施有机肥,有机肥配施芽孢杆菌与有机肥配施光合细菌均可提高小龙虾个体单重,二者可分别提高单重24%和36%。有机肥配施光合细菌可显著提高小龙虾体长以及捕捞量。