微山湖(WS)通过京杭大运河与长江相通,湖区的黄颡鱼群体受到了外来群体(长江黄颡)的冲击,品质资源有所下降;天鹅湖(TE)是黄河入海口附近与黄河相通的人工蓄水湖,该湖内的黄颡鱼群体均来自于黄河水系;清风湖(QF)是新泰市重要的养殖基地。近年来,由于水域环境受农药、生活及工业排放等污染程度加剧,黄颡鱼天然种群数量不断减少,而其人工繁殖又尚未完全解决,再加上过度捕捞,捕捞群体的体重也愈来愈小。因此,充分了解具有代表性的3个黄颡鱼群体的种群结构、群体遗传多样性、生活环境状况,对其种质资源进行保护和利用具有重要意义。利用微卫星标记技术,选用30对鲤鱼的微卫星标记引物对新泰市清风湖、微山湖和天鹅湖的黄颡鱼群体进行全基因组扫描,获得了适合黄颡鱼的微卫星有效引物6个,并利用这些位点对3个黄颡鱼群体遗传结构、遗传多样性及亲缘关系进行研究,结果如下:通过筛选的30对引物对3个黄颡鱼群体基因组DNA的扩增,获得了19对有效引物,其中有6个微卫星位点具有多态性,3个群体在6个微卫星位点上共检测出67个等位基因,每个位点的等位基因数从2到7个不等,大小在205bp～420bp之间,并计算出了3个黄颡鱼群体间的遗传相似系数和遗传距离,TE和QF群体间的遗传相似系数最大(0.7987),遗传距离最小(0.2013);WS和QF群体间的遗传相似系数最小(0.7284),遗传距离最大(0.2716)。同时运用聚类分析(UPGMA)的方法建立了3个黄颡鱼群体的系统发生树,表明天鹅湖群体和清风湖群体间的亲缘关系比较近。