采用系统生物学方法，论文引入系统工程科学领域的Petri网作为代谢模型建模工具，介绍了代谢模型的Petri网的表示方法，并讨论了Petri网代谢模型的分析方法，包括有界性、S、T不变量分析和最优化分析等，这些方法是模型的分析和仿真的有力手段。 基于Visual C++ .NET平台，开发了用于Petri网代谢研究的系统生物学软件，实现了计算机的Petri网代谢模型的建模和仿真。该系统主要包括模型编辑模块、模型计算模块和扩展模块三个部分。其中，前两个模块实现了模型的可视化编辑及模型仿真的集成环境，扩展模块实现了Petri网的PNML标准化。 在该软件环境下，基于无氧代谢、有氧代谢和无氧－有氧代谢的生物化学反应方程式，通过模型编辑界面分别建立了相应的Petri网模型，并利用Petri网代谢模型的分析方法，改变模型中葡萄糖和氧气输入参数，进行模型仿真，得到的ATP生成量变化曲线与生物化学理论一致。