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为选育出毛木耳优质的新品种,本研究采用单孢杂交育种法,以亲缘关系较远、农艺性状具有互补性的褐色菌株黄耳10和AU2,白色菌株APW822三个菌株为亲本,从所选亲本的单孢菌株中,选择菌丝生长健壮而浓密、交配型因子可以配对形成锁状联合的单孢菌株,进行配对杂交选育毛木耳新品种,主要研究结果如下:1、筛选亲本菌株以四川省农科院土肥所保存的菌株为筛选亲本菌株的基础材料,通过对13个菌株ITS序列分析,建立系统发育树,并结合DNA指纹图谱统计分析,建立基于ISSR相似系数的聚类图谱,最后筛选出亲缘关系较远、农艺性状具有互补性的3个毛木耳亲本菌株,即黄耳10、AU2和APW822。2、毛木耳极性研究目前多数研究表明毛木耳的极性是四极性异宗结合,但早期一些学者认为毛木耳的极性是二极性异宗结合,针对这种现象,本研究采用三轮配对法对3个毛木耳亲本单孢菌株进行极性分析,并分离3个毛木耳亲本菌株的单核原生质体,将每个亲本两种交配型的单核原生质体区分开来,并测出其交配型。将上述结果进行适合性x2测验,测验结果显示其中两株亲本菌株的交配型的实际菌株数符合其理论菌株数,可认为毛木耳的交配类型是四极性异宗结合。3、杂交种遗传分析本实验通过对杂交种进行拮抗实验、测定菌丝生长速度、出耳实验及建立基于ISSR相似系数的聚类图谱发现:（1）黄耳10号与AU2共配对180对, 80株杂交种出耳,其中11株杂交种的出耳产量高于主栽品种黄耳10号,黄耳10号与APW822共配对90对,21个杂交种出耳,只有1株的出耳产量高于主栽品种黄耳10号。黄耳10和AU2配对杂交种的品质优于黄耳10和APW822配对杂交种的品质;（2）杂交种AU55菌丝浓密、产量高、抗病强、耳片形态特征介于两亲本之间且与其他杂交种的亲缘关系较远,是一个品质较好的菌株;（3）菌株菌丝的生长速度和浓密程度与菌株的产量基本是正相关的,但又不是绝对的;（4）杂交种组织分离种的遗传稳定高于其多孢分离种的遗传稳定性。