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本论文分为两部分,第一部分为猪FSCN1基因的SNP检测与性状关联分析,第二部分为猪TAF7基因的克隆、染色体定位和组织表达分析。第一部分:猪FSCN1基因结构、SNP检测及性状关联分析。不同猪品种之间在生长、胴体和肉质性状等方面存在很大差异。从遗传角度来讲,这些表型差异在很大程度上是由骨骼肌生长发育过程中基因的表达差异决定的。我们实验室利用Long SAGE技术进行中外两个猪品种不同发育时期的胚胎骨骼肌比较转录谱研究,筛选出差异表达新基因FSCN1。该基因在猪胚胎发育33天、65天和90天的骨骼肌中均有一定量表达,以通城猪90天和长白猪65天为表达最高点。FSCN1基因编码产物为fascin1蛋白,它是fascin蛋白家族成员之一。Fascin蛋白是一类是肌动蛋白结合蛋白,通过参与肌动蛋白的聚合与解聚过程,从而对细胞黏附、细胞迁移和细胞间相互作用产生重要影响。然而,猪FSCN1基因结构和生物学功能一无所知,因此,我们开始对该基因的生物学特征做初步的研究。首先,我们克隆到猪FSCN1基因全长(8843bp),并对该基因结构进行分析,发现该基因包含5个外显子和4个内含子,这与人和鼠的FSCN1基因结构一致。然后,我们检测到了该基因中32个潜在的SNP位点。我们选择其中的3个SNP位点(C/T6840、A/G7365和A/G 8462)做了进一步的研究,在9个猪品种间进行基因频率分析,并在实验猪群中进行了基因多态检测及其性状关联分析。结果表明:C/T6840多态位点在三种小型猪(巴马小型猪、五指山小型猪、贵州香猪)中以偏T型存在。而在其它猪品种中,C和T基因型的分布较为均匀。该多态位点与达上市体重日龄(the age up to market weght, AGE)、出生至上市日增重(the average daily gain before on sale, ADG1)、测定期日增重(the average daily gain during test period, ADG2)、肉质酸度(meat pH, MpH)、失水率(water loss, WaterL)、嫩度(tender, TENDER)和滴水损失(drip loss, DripL)几个性状显著相关;A/G7365多态位点只有在莱芜猪中则该SNP位点以G型为主,而在其它猪群体中以A型为主。该多态位点与皮厚(skin thick, SKIN)、眼肌高度(loin eye-muscle height,EH)和平均血细胞血红蛋白浓度(mean corpuscular hemoglobin concentration,MCHC)显著相关;A/G 8462多态位点只有在大白猪中该SNP位点A型和G型分布较为均匀,而其它猪群体中以G型为主。该多态位点与内脂肪率(ratio of lean to fat, RLF)、血红蛋白(hemoglobin, HGB)、平均血细胞血红蛋白浓度、总蛋白(total protein, TP)、平均血细胞血红蛋白浓度和血清尿素氮(serum urea nitrogen, SUN)显著相关。第二部分:猪TAF7基因的克隆、染色体定位和组织表达谱分析。转录因子ⅡD(transcription FactorⅡD, TFⅡD)是由TATA框结合蛋白(TATA-binding protein, TBP)和TBP关联因子(TBP-associated factors, TAF)等组分构成的多亚基复合物,在调控RNA聚合酶Ⅱ(RNA PolⅡ)转录机制的启动过程中发挥着中枢作用。TAF是一个成员繁多的蛋白家族,在TFⅡD复合物中,不同的TAF因子可以识别特异的启动子结构、存在于特异的细胞周期、参与特异基因的表达。TAF7蛋白是TAF家族中的一个成员,近年来,关于TAF7蛋白的功能及其分子作用机制的研究越来越多,TAF7通过参与基因转录起始而起到调控许多生物学现象的作用。然而,目前还未发现有关于猪TAF7基因的报道,我们分析了猪TAF7基因及其编码的蛋白质序列特征、该基因的染色体精细定位和组织表达特征,希望为猪分子遗传育种提供基础知识,为猪的遗传选育提供分子标记。首先,我们以五指山猪为研究对象,克隆到长1701bp的TAF7基因序列,其中包括长1050bp的CDS。猪TAF7基因CDS区域不含内含子,但是,该基因5’UTR内含有一个长度仅为3bp的内含子。我们通过网络软件GENSCAN对该基因序列进行简单分析,结果表明TAF7基因编码349个氨基酸,利用网络软件rpsblast对猪TAF7蛋白进行保守结构域预测,发现其含有人转录因子TAFII55(TAF7蛋白的另一个名字)保守结构域。此外,我们根据NCBI网络数据库中公布的11个物种的TAF7蛋白序列,并利用MEGA3.1软件构建了不同物种之间TAF7蛋白的系统发育树,结果表明猪TAF7蛋白序列与人TAF7蛋白序列的相似性较高,二者在生物系统进化过程中非常接近。其次,我们利用IMpRH分析该基因在猪染色体上的精确定位,结果证明猪TAF7基因定位于猪2号染色体上,与SW1879和IL4紧密连锁,LOD值分别为6.69和6.15。最后,我们利用半定量RT-PCR方法,分析了TAF7基因在成年五指山猪的16个不同组织(心脏、背肌、淋巴、脾脏、肝脏、肾脏、肺脏、子宫、睾丸、胃、小肠、大肠、卵巢、胸腺、脑、脂肪)中的表达情况,其结果表明:该基因在大多数组织中均有表达,这也证实了其生物学作用的广泛性。同时发现,该基因在睾丸中表达量较高,而在心脏、背肌中检测不到表达,这一现象有待于进一步研究分析。