目的：探讨COX-2和E-cad在胃肠道间质瘤中的表达、HER2基因在GIST中的扩增情况以及与临床病理特征的关系，分析它们在GIST中的作用及其相关性，为临床治疗GIST提供理论依据。 方法：收集包头肿瘤医院、内蒙古医学院第三附属院1999年6月至2008年5月发生于胃肠道的间质瘤病例及其临床病理资料，通过复阅病理切片并加做免疫组化Dogl染色，以CD117和/或Dogl阳性表达确诊为GIST，并用免疫组织化学检测COX-2与E-cad的表达，采用差别竞争PCR法检测HER2基因扩增情况，分析以上表达情况与GIST临床病理特征的关系以及相关性。 结果：1、在63例GIST中，COX-2和E-cad阳性表达率分别是39.7％(25/63)和57.1％(36/63)。2、COX-2和E-cad在低、中、高危分组中呈逐渐增高趋势，有统计学意义(P＜0.05)；与患者的性别、年龄和肿瘤大小无关(P＞0.05)；E-cad表达与核分裂数相关(P＜0.05)。3、GIST中，COX-2与E-cad表达有相关性(P＜0.05)。4、HER2基因在部分GIST中扩增。 结论：1、COX-2与E-cad的表达与GIST恶性潜能分级有关。E-cad与核分裂计数有关，提示COX-2和E-cad在GIST的发生、发展中发挥重要作用，可做为GIST良恶性评价指标，为COX-2抑制剂在GIST中分子靶向治疗提供理论基础．COX-2、E-cad在不同恶性程度GIST中的阳性表达水平有可能为外科手术后GIST综合治疗提供临床指导2、HER2基因在GIST中有扩增现象，提示部分GIST的发生、发展有HER2基因参与。