推动区域创新体系发展已成为区域甚至国家获得竞争优势的核心竞争战略。作为现代经济核心的金融因素必然会在体系发展中形成系统性影响。现有理论对这一领域缺乏系统性关注；实践中大多数区域都照搬硅谷风险投资发展模式但鲜有成功。可见,现有理论和实践模式显然都无法满足区域创新体系的差异化发展需求；尤其无法满足中国的区域转型升级需求。因而亟需运用金融结构的系统化理论思想对区域创新体系发展中的金融结构支持进行理论和实证探讨。本文以金融结构观、创新理论、交易成本理论和相关文献为基础,并通过运用演绎推理、归纳推理和规范分析方法研究了金融结构对区域创新体系发展的影响途径和效应,进而探讨了处于不同发展阶段区域创新体系的金融结构需求以及应采取的匹配模式。在此基础上运用实证、定性和定量分析方法评价了我国区域创新体系发展中的金融结构支持效率,并提出了优化金融结构促进我国区域创新体系发展的政策建议。研究得到以下结论和创新：金融结构是金融资源和制度自身属性和经济功能的综合体现,它对区域创新体系的发展来说是一种资源和制度的创新要素投入。因此,金融结构会从创新主体、组织运行和制度变迁三个层面对区域创新体系的发展形成系统性的影响和支持。应分别用银行主导型金融结构、灵活多层次的金融结构和以金融市场为主大银行为辅的金融结构分别支持初级、中级和高级发展阶段区域创新体系。银行主导型金融结构对我国各省区现阶段的区域创新体系的发展是有效的；但存在结构导向上的错位。需要实行差异化的金融结构调整,在保留银行主导型金融结构基础上不断丰富金融市场工具种类,并推动银行转型,以对我国区域创新体系的进一步发展形成有效的金融支持。