甜瓜(CucumismeloL.)属葫芦科(Cucurbitaceae)甜瓜属(CucumisL.)一年生蔓生草本植物，是一种国内外广泛栽培的重要经济作物。植物学家德康多尔(A.De.candolle)和威特克(J.W.Whitaker)等多数学者认为甜瓜起源于非洲，之后经古埃及传入中近东、中亚和印度等地。我国东北、华北和黄淮流域可能是薄皮甜瓜(又称东方甜瓜)的起源地之一。根据在新疆鄯善、哈密等地陆续发现的野生甜瓜证明，新疆在甜瓜起源与进化上占有一定位置。新疆及与其相关的中亚地区甜瓜地方资源可能存在相对独立的遗传背景。 本研究以新疆甜瓜西瓜资源组经多年考察、收集、观察、整理、归纳出的96份地方资源(101份)、从国外引进的典型西亚—欧美类型甜瓜资源20份、葫芦科白粉病的鉴别寄主13份、薄皮甜瓜1份与其它对照材料5份，共计135份甜瓜资源为试验材料，采用SSR标记技术，较全面的对新疆甜瓜地方资源的遗传多样性进行研究，并辅以对其表型性状的分析。主要得出以下结论： 1.利用筛选获得有多态性的30对SSR引物对135个甜瓜种质的多样性进行聚类分析。在遗传相似系数0.34处将135份材料划分为两个类群：薄皮甜瓜和厚皮甜瓜；在遗传相似系数0.37处将第二类群划分为两个亚群：第一亚群为西亚—欧美类型(如cantaloupe)，第二亚群为中亚－新疆类型；在遗传相似系数0.56处，将cantaloupe,casaba类型以及含有其血缘的甜瓜资源全部独立出去，而将新疆甜瓜地方资源独立为一大类群。 2.根据SSR标记聚类分析结果，新疆甜瓜地方资源是相对独立的一个甜瓜类群，它具有相对独立的遗传背景。 3.新疆甜瓜地方资源与casaba类型的遗传距离较近，而与cantaloupe类型的遗传距离相对较远。 4.在遗传相似系数0.70处将新疆甜瓜地方资源划分为7类。但在每一类之间和每一类内，遗传距离相对较近。即新疆甜瓜地方资源遗传背景狭窄，在资源的创新和品种的选育研究中，需要转入其它类型的甜瓜血缘，以便克服其缺点，增强其杂种优势。 5.选用甜瓜果实形状、果皮颜色、果肉颜色等27个田间表现较稳定的表型性状进行聚类分析，在遗传相似系数0.42处，cantaloupe、casaba和新疆甜瓜地方资源各成一类；在遗传相似系数0.48处，将所有128份资源分成了13个类群。 6.从总体上看，表型性状的聚类虽易受环境条件的影响，与分子标记的聚类结果有所差异，即不能完全反映各个资源间的遗传本质，但能将具有较明显遗传差异和不同生态类型的类群区分开来，并能揭示形态上的差异。但为了使表型聚类的结果更准确，更能反映其遗传本质，选择较稳定的、不易或受环境因素影响小的表型性状非常重要。