随着“一带一路”建设、海洋强国及长江经济带发展等重大国家战略的实施，我国海洋经济迅猛发展，水路运输也逐渐发挥着重要的作用。2017年，最高人民法院进一步推动确立海事案件专门管辖制度，这意味着水上交通肇事犯罪在今后会接受更加专业性的审判。然而，我国现行法律对水上交通肇事犯罪并没有设定专门的法条或是罪名，实践中往往按照《刑法》第133条交通肇事罪相关规定定罪处罚。由于水上环境具有特殊性，在司法实践中便会产生较多问题。
　　通过收集的63例样本案例的分析与研究，整理水上交通肇事犯罪在司法实践中的常见问题，主要包括：引航员是否可以作为交通肇事罪的定罪主体；人员失踪在司法实践中的定位与处理；水上交通肇事逃逸如何认定；环境污染是否可以作为水上交通肇事犯罪的危害后果之一；事故等级标准等问题在实际案例中的具体处理方法等。针对水上交通肇事犯罪的相关问题，通过立法与司法相结合，建立完备的水上交通肇事犯罪的刑事追究机制。
　　文章除引言和结语部分外，共分为四部分：
　　第一部分：水上交通肇事犯罪的内涵以及和其他罪名的关系。主要包括通过对交通肇事罪构成要件的分析，得出水上交通肇事犯罪在主体与客观方面具有水上环境的独特性；并提出可以从场所与主体方面将并水上交通肇事犯罪与重大责任事故罪区分；以及从主观方面将其与破坏电力设施罪间的区别等。
　　第二部分：分析水上交通肇事犯罪的主体在司法实践中存在的问题以及处理方式，如：数名驾驶人员驾驶船舶时以当班驾驶人员定罪处罚，当班驾驶人员多人时，则多人都可以作为交通肇事罪的主体；指使他人违章驾驶船舶时，驾驶船舶的人员与指使的人员都可以作为交通肇事罪的定罪主体；引航员作为交通肇事罪主体的同时，船长也应当对事故负同等责任等。
　　第三部分：分析水上交通肇事犯罪的客观方面在司法实践中存在的问题以及处理方式，如：为救人而自愿入水的人员同样应当作为事故的伤亡人员计入事故后果；当事故等级标准与司法解释有差别时，定罪处罚应当以司法解释为主；水上事故中的失踪人员应当作为案件事实写入判决等。
　　第四部分：针对水上交通肇事犯罪的相关问题，提出完善建议。主要包括增设“水上交通肇事罪”，并主要将人员失踪、经济损失、水域环境污染等危害后果纳入定罪考量；将水路运输纳入“危险驾驶罪”的调整范围。