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大曲是指含有大量能发酵的活微生物或酶类的糖化发酵剂。制曲技术是我国特有的一份民族遗产。曲是各种白酒香型风味的重要成因,不同曲中的微生物种类不同,相应白酒的香型也会不同。本论文以高温大曲为研究对象,采用以PCR-DGGE为主的分子生物学方法,初步分析了制曲过程中各主要阶段的细菌菌群的变化,为强化大曲发酵剂的开发提供了理论依据。本论文实验内容主要分为四部分：第一,在提取大曲细菌总DNA过程中,比较了五种基于不同裂解原理的DNA提取方法的效果,发现SDS-酶法结合使用的提取方法,高温大曲中细菌总DNA的提取效率最高,且产量和质量最好,从而为后期实验提供良好的DNA模板。第二,由于实验中采用的引物存在特殊的“GC夹板”结构,本论文对目的基因的PCR扩增方法进行了优化,比较了不同PCR方法的扩增结果,结果显示,采用巢式PCR对16S rDNA V3区进行扩增,不但提高了对目的产物扩增的特异性,同时也使产量得以提高。第三,在预实验中,首先通过垂直胶电泳对DGGE变性浓度梯度范围进行了确定,然后采用时间间隔法选择了最佳电泳时间。结果显示,变性梯度在30%-55%的范围内样品的分离效果最佳,同时确定电泳时间为10h。第四,通过PCR-DGGE技术对制曲过程中细菌的变化进行初步研究,结果表明：在制曲前期优势细菌群落变化较为突出,菌群结构更替频繁,主要优势条带的相似菌有：Bacillus sp. SSCS14-2, Bacillus galactosidilyticus, Virgibacillus carmonensis, Thermoactinomyces sanguinis, uncultured bacterium. Virgibacillus sp. R-6767,其中后三者在制曲中期消失。从中期到后期优势条带相似性较大,菌群群落结构比较稳定,主要优势菌为：Bacillus licheniformis, Virgibacillus carmonensis, Bacillus sp.TAT112, Bacillus galactosidilyticus。