葡萄座腔菌科（Botryosphaeriaceae）真菌是很多木本植物溃疡病和枯梢病的重要病原菌。已有报道山核桃干腐病病原菌为Botryosphaeria dothidea，但对于葡萄座腔菌科其他真菌与山核桃干腐病的关系还没有深入研究。本研究通过组织分离法分离得到了山核桃干腐病相关病原菌，通过形态学和DNA序列比对的方法鉴定该病原菌，得到如下结果:　　 1、比较其形态学特征和rDNA ITS序列特征，将分离得到的供试菌株分为三组。三组菌株分别鉴定为Fusicoccum aesculi，F.fabicercianum和Diplodiaseriata。　　 2、F.aesculi为优势菌株，分离率为71.42％，F.fabicercianum和D.seriata分离率分别为14.28％。　　 3、对以上分离菌株进行致病性测定，均能引起健康山核桃枝条发病， F.aesculi菌株其致病性最强，病情指数为77.77，其次为F.fabicercianum菌株，病情指数为15.56，D.seriata菌株致病性最差，其病情指数为6.67。　　 4、、根据形态学和分子生物学特征选取7株病原菌（编号为1CH、23CH、16NG、31CP、19GT、7NG、13NG）作为实验菌株，获得了其ITS序列，并上传与GenBank数据库中，获得接收号对应为:KC527822-KC527828。　　 5、通过系统发育树分析，以上三组病原菌系统发育分析结果与形态学鉴定结果一致。　　 6、首次报道了F.fabicercianum和D.seriata在山核桃上寄生。　　 7、组织分离中得到了非葡萄座腔菌菌株，根据该菌的培养和形态特征将其鉴定为小孢拟盘多毛孢（Pestalotiopsis microspora）。该菌对山核桃枝干不具有致病性。